Question

下面是一个从分子动力学轨迹数据中读取速度值的脚本。我有许多带有名称模式的轨迹文件如下：

waters1445-MD001-run0100.traj
waters1445-MD001-run0200.traj
waters1445-MD001-run0300.traj
waters1445-MD001-run0400.traj
waters1445-MD001-run0500.traj
waters1445-MD001-run0600.traj
waters1445-MD001-run0700.traj
waters1445-MD001-run0800.traj
waters1445-MD001-run0900.traj
waters1445-MD001-run1000.traj
waters1445-MD002-run0100.traj
waters1445-MD002-run0200.traj
waters1445-MD002-run0300.traj
waters1445-MD002-run0400.traj
waters1445-MD002-run0500.traj
waters1445-MD002-run0600.traj
waters1445-MD002-run0700.traj
waters1445-MD002-run0800.traj
waters1445-MD002-run0900.traj
waters1445-MD002-run1000.traj

每个文件都有200帧数据需要分析。所以我计划以这样一种方式，这个代码应该在每个traj文件（如上所示）中一个接一个地读取，并提取速度值并写入特定文件（text_file = open（“Output.traj.dat”， “a”）对应于相应的输入轨迹文件。

所以我定义了一个名为'loops（mmm）'的函数，其中'mmm'是函数'loops'的轨迹文件名解析器。

#!/usr/bin/env python
'''
always put #!/usr/bin/env python at the shebang
'''
#from __future__ import print_function
from Scientific.IO.NetCDF import NetCDFFile as Dataset
import itertools as itx
import sys
#####################


def loops(mmm): 
  inputfile = mmm

  for FRAMES in range(0,200):
      frame = FRAMES
      text_file = open("Output.mmm.dat", "a")

      def grouper(n, iterable, fillvalue=None):
        args = [iter(iterable)] * n
        return itx.izip_longest(fillvalue=fillvalue, *args)

    formatxyz = "%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f%12.7f"
    formatxyz_size = 6
    formatxyzshort = "%12.7f%12.7f%12.7f"
    formatxyzshort_size = 3

    #ncfile = Dataset(inputfile, 'r')
    ncfile = Dataset(ppp, 'r')

    variableNames = ncfile.variables.keys()
    #print variableNames

    shape = ncfile.variables['coordinates'].shape
    '''
    do the header
    '''

    print 'title ' + str(frame)
    text_file.write('title ' + str(frame) + '\n')
    print "%5i%15.7e" % (shape[1],ncfile.variables['time'][frame])
    text_file.write("%5i%15.7e" % (shape[1],ncfile.variables['time']\
    [frame]) + '\n')

    '''
    do the velocities
    '''
    try:
        xyz = ncfile.variables['velocities'][frame]
        temp = grouper(2, xyz, "")

        for i in temp:
            z = tuple(itx.chain(*i))
            if (len(z) == formatxyz_size): 
                print formatxyz % z
                text_file.write(formatxyz % z + '\n')
            elif (len(z) == formatxyzshort_size): 
                print formatxyzshort % z
                text_file.write(formatxyzshort % z + '\n' )

    except(KeyError):
        xyz = [0] * shape[2] 
        xyz = [xyz] * shape[1]
        temp = grouper(2, xyz, "")

        for i in temp:
            z = tuple(itx.chain(*i))
            if (len(z) == formatxyz_size): 
                print formatxyz % z
            elif (len(z) == formatxyzshort_size): 
                print formatxyzshort % z
            x = ncfile.variables['cell_angles'][frame]
            y = ncfile.variables['cell_lengths'][frame]

 #text_file.close()


# program starts - generation of file name
for md in range(1,3):
   if md < 10:
      for pico in range(100,1100, 100):
        if  pico >= 1000:
            kkk = "waters1445-MD00{0}-run{1}.traj".format(md,pico)
            loops(kkk)
        elif pico < 1000:
            kkk = "waters1445-MD00{0}-run0{1}.traj".format(md,pico)
            loops(kkk)

        #print kkk

在（＃program starts - generation of file name）行，代码应该生成文件名并相应地调用函数并提取速度并转储值（text_file = open（“Output.mmm.dat”） “，”“a”）

执行此代码时，程序正在运行，但遗憾的是无法根据输入轨迹文件名生成输出文件。

我希望输出文件名为：

velo-waters1445-MD001-run0100.dat
velo-waters1445-MD001-run0200.dat
velo-waters1445-MD001-run0300.dat
velo-waters1445-MD001-run0400.dat
velo-waters1445-MD001-run0500.dat
.
.
.

我无法追踪我需要做哪些更改。

Answer 1

您的代码缩进已损坏：formatxyz的第一个分配和以下代码未与def grouper和for FRAMES对齐。

主要问题可能是（就像Johannes已经评论过的那样）打开文件进行写入以及实际将数据写入文件的时间。

检查：

for FRAMES in range(0,200):
    frame = FRAMES
    text_file = open("Output.mmm.dat", "a")

输出文件名为（硬编码）Output.mmm.dat。更改为"Output.{0}.dat".format(mmm)。但是，变量mmm永远不会在循环内部发生变化。如果所有帧都应写入同一文件，这可能没问题。

通常，请处理您为变量和函数选择的名称。 loops非常通用，kkk和mmm也是如此。更具体地说，它有助于调试。如果您不知道发生了什么以及您的程序出错了，请插入带有一些描述性文字的print("dbg> do (a)")语句和/或使用the Python debugger来逐步完成您的程序。尤其是交互式调试对于学习新语言和新概念至关重要。

根据输入文件名生成输出文件名

1 个答案: