我正在开发一个小应用程序，并考虑将BLAST或其他本地对齐搜索集成到我的应用程序中。我的搜索只提出了需要安装并作为外部程序调用的程序。
有没有办法从头开始实施？也许是任何预制的图书馆？
答案 0 :(得分：5)
它必须在C中，还是C ++也可以？如果是这样，您可能需要查看SeqAn库here。
答案 1 :(得分：5)
这个主题与结果的可重复性有关：使用NCBI或UCSC提供的原始二进制二进制文件总是更好，因为它可以让你的结果更容易被其他科学家重现，并且可以节省你的成本。花在编写测试上的时间很多（比你想象的还要多）。
对于日常工作，我经常使用exonerate，一个用C编写的工具，可以进行全局和局部对齐，具有简单的类似unix的界面，不需要格式化你的输入与爆炸一样。
此外，请记住，人们通常使用makefile和脚本的组合来定义管道，而不是从脚本调用所有内容：大多数编程语言都不适合定义管道，而像Make这样的自动构建工具没有用用于脚本任务。请看一下这些示例：http://skam.sourceforge.net/skam-intro.html http://swc.scipy.org/lec/build.html
答案 2 :(得分：2)
我偶然发现了我想要的东西：The NCBI C++ Toolkit。谢谢你提出的所有建议。
答案 3 :(得分：1)
BLAST算法在大约20年前实现，它现在是一个非常大的算法，我无法想象它可以从头开始实现。在查看NCBI toolkit中'blastall'程序的来源时，您可以尝试了解它。 一个更简单的pairwise算法（Swith Waterman，Needleman-Wunsch）应该更容易实现：
答案 4 :(得分：0)
Computational Molecular Biology: An Introduction包含Smith-Waterman和其他动态编程对齐算法的代码。
答案 5 :(得分：0)
我通过blastcl3客户端二进制文件使用NetBLAST。我相信blastcl3二进制文件对于NetBLAST Web服务来说是一个相当瘦的客户端。
如果是这样，嗅探数据包并实现自己的客户端应该不会太难。根据您的使用情况，这可能比实现您自己的对齐算法更快/更容易。但是，它确实引入了对NCBI网络服务的依赖。
答案 6 :(得分：0)
我发布了一个类似的问题（running BLAST (bl2seq) without creating sequence files）
基本上，我提出的答案是运行此命令：
bl2seq -i<(echo sequence1) -j(echo sequence2) -p blastn
将echo命令的结果传递给bl2seq（blast 2序列）程序。
但我无法通过Python的调用系统来实现它