R的命令行参数

Question

  

可能重复：
  Parsing command line arguments in R scripts

这是我在这里的第一篇文章，如果我问一些noob问题或者已经回答了问题，请多好。

我编写了一个R脚本，它将文件作为输入，计算第二列的连续数据点之间的差异，并绘制计算出的差异点的直方图。

一切都很好，但我希望该脚本将输入作为命令行参数。我试过--args和--slave但​​它不起作用！我该如何实现？并且脚本非常慢，因为我用2 for for循环写了它，花了10分钟来处理50k行文件，其中awk在30秒内执行此操作。有什么技巧可以加快这个速度吗？

数据如下所示：

CHROM   POS
chr01   925
chr01   929
chr01   981
chr01   1008
chr01   1012
chr01   1042
chr01   1065
chr01   1255
chr01   1260

谢谢。

Answer 1

您可以通过commandArgs()函数访问传递给R的命令行参数。这将返回一个您可以通常方式访问的列表。有关详细信息，请参阅?commandArgs。