如何在PyPy上使用Biopython？

Question

我知道PyPy在Numpy和Biopython中的其他东西都有问题，但并非所有BioPython模块都使用这些东西...... 有人知道如何导入和使用Bio模块到PyPy？

Answer 1

您应该能够像常规Python版本一样安装它。 PyPy已经包含在Biopython的集成测试中。

使用virtualenvwrapper的示例：

$ mkvirtualenv -p /usr/bin/pypy biopy
$ workon biopy
$ cd biopython  # or wherever your biopython directory is
$ python setup.py install
$ python -c 'import Bio'

如果您没有看到上述命令中的任何错误消息，那么它应该正常工作。