k-mers在一个没有空格的字符串中

时间:2012-12-06 15:29:25

标签: java

我想知道Java中将没有空格的长字符串分区为k-mers的最佳方法是什么。基本上我正在考虑使用不同大小的k-mers进行测试,并计算原始字符串中给定k-mer的重复次数和确切位置。

我的问题是相关的做法,滑动窗口? hashmap? 在您看来,执行该任务的最佳方式是什么?

此外还有一个重叠k-mers的概念,我不知道如何处理,如果有人能指出我正确的做法,那就太好了。

提前致谢 DAR

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