如何计算落在树的每个节点中的观察结果

时间:2012-12-03 19:23:18

标签: r tree classification decision-tree

我目前正在处理MMST包中的葡萄酒数据。我已将整个数据集拆分为训练和测试,并构建一个类似以下代码的树:

library("rpart")
library("gbm")
library("randomForest")
library("MMST")

data(wine)
aux <- c(1:178)
train_indis <- sample(aux, 142, replace = FALSE)
test_indis <- setdiff(aux, train_indis)

train <- wine[train_indis,]
test <- wine[test_indis,]    #### divide the dataset into trainning and testing

model.control <- rpart.control(minsplit = 5, xval = 10, cp = 0)
fit_wine <- rpart(class ~ MalicAcid + Ash + AlcAsh + Mg + Phenols + Proa + Color + Hue + OD + Proline, data = train, method = "class", control = model.control)

windows()
plot(fit_wine,branch = 0.5, uniform = T, compress = T,  main = "Full Tree: without pruning")
text(fit_wine, use.n = T, all = T, cex = .6)

我可以得到这样的图像: Tree without pruning

每个节点下的数字(例如Grignolino下的0/1/48)是什么意思? 如果我想知道每个节点有多少培训和测试样本,我应该在代码中写什么?

1 个答案:

答案 0 :(得分:7)

数字表示该节点中每个类的成员数。所以,标签&#34; 0/1/48&#34;告诉我们,类别1有0个案例(Barabera,我推断),第2类(Barolo)只有一个例子,第3类(格里尼奥利诺)有48个。

您可以使用summary(fit_wine)获取有关树和每个节点的详细信息 有关详细信息,请参阅?summary.rpart

您还可以使用predict()(将调用predict.rpart())查看树如何对数据集进行分类。例如,predict(fit_wine, train, type="class")。或者将其包装在表格中以便于查看table(predict(fit_wine, train, type = "class"),train[,"class"])

如果您特别想知道观察到哪个叶节点,则此信息存储在fit_wine$where中。对于数据集中的每个案例,fit_wine$where包含fit_wine$frame的行号,表示案例所在的叶节点。因此,我们可以通过以下方式获取每个案例的叶信息:

trainingnodes <- rownames(fit_wine$frame)[fit_wine$where]

为了获取测试数据的叶信息,我曾经使用predict()运行type="matrix"并推断它。这令人困惑地返回了一个矩阵,该矩阵是通过连接预测的类,在该结构树中该节点处的类计数和类概率而产生的。所以对于这个例子:

testresults <- predict(fit_wine, test, type = "matrix")
testresults <- data.frame(testresults)
names(testresults) <- c("ClassGuess","NofClass1onNode", "NofClass2onNode",
     "NofClass3onNode", "PClass1", "PClass2", "PClass2")

由此,我们可以推断出不同的节点,例如来自unique(testresults[,2:4]),但它不够优雅。

然而,Yuji has a clever hack for this at a previous question。他复制了rpart对象并将节点替换为类,因此运行predict会返回节点而不是类:

nodes_wine <- fit_wine
nodes_wine$frame$yval = as.numeric(rownames(nodes_wine$frame))
testnodes <- predict(nodes_wine, test, type="vector")

我已经在此处提供了解决方案,但人们go should upvote him