如何在ggplot2中将地图与复杂的点显示结合起来？

Question

我正在尝试使用非洲背景地图绘制研究地点的积分。我可以独立创建这两个，但我很难将它们叠加在彼此之上。

我使用的非洲地图是来自maplibrary.org的Esri shapefile。它可以在https://www.dropbox.com/s/etqdw3nky52czv4/Africa%20map.zip的我的保管箱中找到。我在文本文件中有点，也可以从我的投递箱中获得。 https://www.dropbox.com/s/scvymytjsr5pvaf/SPM-437-22Nov12.txt。他们指的是疟疾寄生虫的分子耐药性研究。我想绘制它们，使颜色是具有抗药性遗传标记的寄生虫的比例，并且大小是测试的寄生虫的数量。

独立绘制点数：

qplot(Longitude, Latitude, data = d.spm.437, colour = Frc437, size = Tot437)

绘制非洲地图：

library(maptools)
africa = readShapePoly("Africa.shp")
africa.map = fortify(africa, region="COUNTRY")
qplot(long, lat, data = africa.map, geom="path", group=group)

任何有关将这两者放在一起同时保留点数显示的帮助将不胜感激。

Answer 1

尝试这样的事情。似乎为我工作。我认为你的一些lat-long坐标是错误的。 fill的{​​{1}}颜色目前设置为geom_point，因此您可能希望对其进行更改。

Tot437

顺便说一下，查看你的地图可能很难得到个别区域的详细视图，因此解决这个问题的一种方法是通过子集化，在这种情况下使用数据框。你可以这样做：

library(ggplot2)
library(rgdal)

africa <- readOGR("c:/test", layer = "Africa")
africa.map = fortify(africa, region="COUNTRY")

africa.points = read.table("c:/test/SPM-437-22Nov12.txt", header = TRUE, sep = ",")
names(africa.points)[which(names(africa.points) == 'Longitude')] <- 'long' # rename lat and long for consistency with shp file
names(africa.points)[which(names(africa.points) == 'Latitude')] <- 'lat'

ggplot(africa.map, aes(x = long, y = lat, group = group)) +
    geom_polygon(colour = "black", size = 1, fill = "white", aes(group = group)) +
    geom_point(data = africa.points, aes(x = long, y = lat, fill = Tot437, group = NULL), size = 4, shape = 21, colour = "black", size = 3)

...这应该会给你类似的东西：