Question

我正在尝试在C中编写一个将由R调用的函数。在其中我需要从矢量中取代随机样本而不替换。 Rmath.h是否可以在R中使用类似sample（）的东西？如果没有，有谁知道我为什么会得到

    Symbol not found: _gsl_rng_mt19937

当我尝试使用dyn.load（）调用包含（使用适当的标头）的代码时：

      #include <gsl/gsl_randist.h>
      #include <gsl/gsl_rng.h>

     void update_infs (int *inds,
      int *inf_times,
      int *n,
      int *n_inf,
      int *locs,
      int *Rinds,
      double *logmean,
      double *logsd,
      double *alpha,
      double *wts,
      int *indices  /* a vector 1:n */
      ) { 
    ...

   /* set up GSL RNG */
   gsl_rng * rng = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937);
   /* end of GSL setup */
    ...
   gsl_ran_choose(rng, tmp_inf_me, Rinds[i], indices, *n, sizeof (double));
    ... }

Answer 1

可能需要使用类似

的命令编译共享对象

export PKG_CFLAGS=`gsl-config --cflags`
export PKG_LIBS=`gsl-config --libs`

然后

R CMD SHLIB gsl.c

或者

PKG_CFLAGS=`gsl-config --cflags` PKG_LIBS=`gsl-config --libs` R CMD SHLIB gsl.c

这告诉编译器在哪里查找头文件，以及链接器在何处查找要链接的库。在编译和链接期间，命令应包含gsl-config --cflags和gsl-config --libs的输出，沿着

行。

gcc -std=gnu99 -I/home/mtmorgan/bin/R-devel/include -I/usr/local/include -I/usr/include -fpi -c gsl.c -o gsl.o

在compilatoin和

期间

gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o gsl.so gsl.o -L/usr/lib -lgsl -lgslcblas -lm -L/home/mtmorgan/bin/R-devel/lib -lR

链接期间

。成功的考验是

R -e 'dyn.load("gsl.so")'

在一个软件包中，文件src/Makevars带有

PKG_CFLAGS = `gsl-config --cflags`
PKG_LIBS = `gsl-config --libs`

并且，对于可能无法使用gsl-config但用户已设法安装gsl并设置环境变量LIB_GSL的Windows，文件src/Makevars.win

PKG_LIBS += -L$(LIB_GSL)$(R_ARCH)/lib -lgsl -lgslcblas -lm
PKG_CPPFLAGS += -I$(RHOME)/src/include -I$(LIB_GSL)$(R_ARCH)/include

Answer 2

在忘记包含或共享库之前，我遇到过这种“未找到符号”错误 - 这两种错误在gsl中都是必需的，即gcc -I / usr / include / gsl foo.c -o foo -l：/usr/lib/libgsl.so

P.S。，R（sample（）或一些外部库中的可用采样算法）是不是足够高效？令我感到惊讶的是，除了一些非常大的数据项目之外，这将是所有人的瓶颈......

在C中无需替换的采样用于R代码

2 个答案: