Question

我很欣赏，鉴于我的知识水平（或缺乏），这项任务可能有点雄心勃勃，但仍然存在。

我有一个包含16个字符串的列表，大约有3000个项目，其中每个字符表示另一个数字列表。不确定我是否说得那么清楚;实际上它是16个氨基酸长肽的列表，其中每个氨基酸（20个中的1个）可由5个数字表示。

我想遍历该列表（肽段），然后为每个字符（氨基酸）添加相关的5个数字（Atchley因子，如果您感兴趣）到数组，制作3维数组，其中我的轴是：肽的实例（3000）x肽内的氨基酸（16）x因子（5）。

我出乎意料地超出了我的深度，所以我不确定我所获得的是否有用是有帮助的，但这里是（使用numpy）：

array = np.empty(shape=(len(peptides),16,5)

for i in peptides:

    for j in str(i):

（此时我尝试了一堆不同的东西，因为我在论坛上搜索，结尾的东西有点像这样，但我确信我甚至错过了我的目标）

    if j == 'A':    
            L16Afctrs = np.append([-0.59145974, -1.30209266, -0.7330651, 1.5703918, -0.14550842], axis=1)
    elif j == 'C':
            L16Afctrs = np.append([-1.34267179, 0.46542300, -0.8620345, -1.0200786, -0.25516894], axis=1)
    ...
    elif j == 'Y':
            L16Afctrs = np.append([0.25999617, 0.82992312, 3.0973596, -0.8380164, 1.51150958], axis=1)

就像我说的那样，我老老实实地在挣扎，任何帮助都会非常感激。

编辑：澄清（希望如此）

我有一个大约3000个不同的16个字符串的列表，其中这些字符串中的每个字符表示另外5个数字。

我想生成一个三维数组或结构，通过查看三维数组中的给定平面（我设想的维度），我可以（最终）绘制所有3000个字符串中给定位置的5个数字。是;原始字符串x 16个字符x 5个因子）。

我目前正在编写不同字符的字典，与@Winston的帖子有关，然后尝试将其折叠成3d数组。

编辑2：成功！

温斯顿的修复效果非常好！

Answer 1

将数据存储在字典中：

DATA = {
    'A' : numpy.array([-0.59145974, -1.30209266, -0.7330651, 1.5703918, -0.14550842]),
    'B' : numpy.array([-1.34267179, 0.46542300, -0.8620345, -1.0200786, -0.25516894]),
    'D' : numpy.array([1.05015062, 0.30242411, -3.6559147, -0.2590236, -3.24176791])
    ...
}

使用python list comprehension构建所有这些列表，然后将该列表numpy转换为numpy数组

counters = numpy.array([DATA[letter] for peptide in peptides for letter in peptide])

将阵列重塑为3D维度，因为最后一步将具有2D阵列

counters = counters.reshape( len(peptides), 16, 5 )

通过迭代列表在python中生成三维数组

1 个答案: