如何在Pymol中设置RGB颜色

Question

我可以问Pymol是否允许用户按用户定义的值设置原子颜色？ 例如，我想通过它们的生化特征为所有原子着色，羽毛被认为是RGB值，比如[R G B]等于[feature1 feature2 feature3]，我怎么能 在Pymol中这样做？

另外，如果我已经为原子着色，我可以获得颜色值吗？我尝试使用cmd.getcolor（），但它返回的值不会被识别为RGB颜色，还有其他任何颜色 Pymol中的函数我可以调用原子颜色吗？

Answer 1

请参阅pymolwiki页面Color和Set Color。

首先，使用您的要素定义一组颜色（记住将要素值标准化以缩放[0,1]或[0,255]）：

set_color mycol1, [feature1R, feature1G, feature1B]
set_color mycol2, [feature2R, feature2G, feature2B]
...

然后，您可以使用自定义颜色为原子着色：

# color all alpha Carbons to mycol1:
color mycol1, n. CA
# color all backbone Nitrogens to mycol2:
color mycol1, n. N

要获取原子颜色，请参阅“Getting Atom Colors”。 假设你有一个名为youratom的原子，你想为它获得颜色：

atomcolor = []
iterate youratom, atomcolor.append(cmd.get_color_tuple(color))
print atomcolor[0]

atomcolor[0]是一个带有RGB值的元组[0,1]。