单一观察的prop.test

Question

我遇到这样的情况： 我生成了由基因组成的1000个随机列表（这里只报告了4个随机列表）。我检查了这个列表中有多少基因发生了突变。这里突变的基因在Mutated_genes栏中报道。这只是一个计数。预期值为p = 0.02（p列）。

DFR

Mutated_genes    Tot         p
      29         1600        0.02
      27         1600        0.02
      30         1600        0.02
      8          1600        0.02

我想进行卡方检验。为此，我使用了以下代码：

prop.test(DFR$Mutated_genes, p = DFR$p, DFR$Tot, alternative="two.sided", conf.level=.99)

问题是它在整个矩阵上执行chi.squared。事实上输出是：

  

X平方= 10009.67，df = 1000，p值< 2.2E-16
  另类假设：两个方面

我希望每行的卡平方值，因此对于每个观察。如何做到这一点？

提前致谢。

Answer 1

试试这个：

apply(DFR$Mutated_genes, 1, function(x) prop.test(x[1], p = x[3], x[2], 
      alternative="two.sided", conf.level=.99))

我希望这很好用。