Question

我找到了一些solutions，但不完全是我想要的。我在R中有5个数据帧，每个数据帧有4列：

假设第一个数据帧的名称是“Gene1”

Ind1     Ind2       Ind3      Ind4
1          3         3.2        2.5
1          3         4          2
1.5        2         2.2        1
3.4        2         1          3

其余的数据帧称为“Gene2”，“Gene3”，“Gene4”，“Gene5”，类似。

我想在所有数据帧和所有列的相同图中并排绘制箱线图。我没有找到这样的情节，所以我无法上传图片，但我会尝试解释。

现在从上面的数据来看，该图将有20个箱形图。前4个盒子图应该彼此接近，x轴名称应该是“Gene1”（对于所有4个盒子图）然后在图中有一点空间，再次是4个盒子图，其中x轴名称为“Gene2”，依此类推

我可以轻松地在一个图中绘制所有框图，但我无法区分数据框。意思是，它应该清楚地告诉我们前4个箱形图来自“Gene1”，接下来的4个箱形图来自“Gene2”等等。

如果问题不明确，请告诉我。

Answer 1

我怀疑这是你想要的，事实上，标准graphics包中的绘图功能并不是很复杂。这些组被绘制为4个单独的面板，但是在外边距中绘制了共享的y轴和标题，它看起来像一个单独的图。

# Faking the data, since you didn't provide any
Gene <- data.frame(matrix(rweibull(100*4, 1), 100))
names(Gene) <- paste0("Ind", 1:4)
Gene <- rep(list(Gene), 4)

# Setup the panels
layout(t(1:4))
par(oma=c(2, 4, 4, 0), mar=rep(1, 4), cex=1)
# `mar` controls the space around each boxplot group

# Calculating the range so that the panels are comparable
my.ylim <- c(min(sapply(Gene, min)), max(sapply(Gene, max)))

# Plot all the boxes
for(i in 1:length(Gene)){
    boxplot(Gene[[i]], ylim=my.ylim, axes=FALSE)
    mtext(paste("Gene", i), 1, 0)
    if(i == 1){
        axis(2, las=1)
        mtext("Expression or what you have", 2, 3)
    }
}
title("Look at all my genes!", outer=TRUE)

enter image description here

顺便说一句，我建议将数据框存储在列表中，而不是通过命名它们“Gene1”，“Gene2”，“Gene3”和“Gene4”来模仿列表。以这种方式自动化要容易得多。如果您仍想将它们存储为单独的变量，请将Gene[[i]]替换为get(paste0("Gene", i))，将my.ylim <- ...替换为min(c(min(Gene1), min(Gene2) ...等。

Answer 2

使用ggplot2和相关工具，您可以在黑暗中拍摄照片。

library(ggplot2)
library(reshape2)
library(plyr)

Gene1 <- read.table(text = "Ind1     Ind2       Ind3      Ind4
1          3         3.2        2.5
1          3         4          2
1.5        2         2.2        1
3.4        2         1          3", header = TRUE)

#Make a copy of Gene1
Gene2 <- Gene1

#A Round about way to rbind these together with an ID column
combined_data <- ldply(list(Gene1 = Gene2, Gene2 = Gene2))

#Melt into the long format needed by ggplot2
combined_data_melt <- melt(combined_data, id.vars = 1)

#Plot and use facet_wrap for each data.frame
ggplot(combined_data_melt, aes(variable, value)) +
  geom_boxplot() +
  facet_wrap(~.id, ncol = 1) +
  theme_bw()

给你这样的东西作为输出：

enter image description here

这应该做你想要的，对代码的微小改动。感谢Joran R chat提示有关闪避的提示。

ggplot(combined_data_melt, aes(.id, value, dodge = variable)) +
  geom_boxplot(position = position_dodge(width = 0.8)) +
  theme_bw()

enter image description here

一组内的多个箱形图

2 个答案: