Question

可能重复：
Random sampling a list of genes

我想从19.000个基因的宇宙中创建1000个1652个基因的随机列表。我决定更换，因为宇宙不是那么大。唯一的条件是列表可以在它们之间包含相似的基因（由于替换），但每个列表不能包含多于一次的基因。因此它在单个列表中将是唯一的。有关于此的任何建议吗？

Ex：Universe =字母[1:26]

期望的输出：

 [[1]]  [[2]]   [[3]]   [[...]]
   a      b       f
   b      c       a
   c      d       b
   f      z       j
   h      j       o

我想避免像以下情况：

 [[1]]  [[...]]
  a   
  a   
  b   
  c
  c

由于宇宙不是那么大，我无法设置REPLACE = F.如果我设置了REPLACE = T，复制的元素会出现在列表中......这就是我试图避免分析的内容。

提前致谢

电子。

Answer 1

此代码从Universe中抽取10个10个样本，无需替换。我想这就是你想要的：

Universe = letters[1:26]
replicate(5, sample(Universe, 10, replace = FALSE))

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
 [1,] "j"  "l"  "k"  "c"  "j" 
 [2,] "g"  "i"  "c"  "t"  "g" 
 [3,] "z"  "u"  "m"  "u"  "e" 
 [4,] "a"  "b"  "t"  "e"  "q" 
 [5,] "q"  "d"  "j"  "k"  "m" 
 [6,] "r"  "a"  "l"  "l"  "x" 
 [7,] "e"  "g"  "r"  "i"  "f" 
 [8,] "l"  "w"  "o"  "g"  "u" 
 [9,] "b"  "y"  "b"  "x"  "c" 
[10,] "u"  "j"  "x"  "a"  "b"

Answer 2

不确定“REPLACE = T”是什么意思，但random.sample可能会做你想要的

>>> import random
>>> import string
>>> universe = string.ascii_lowercase
>>> random.sample(universe, 5)
['z', 'n', 'p', 'u', 's']

使用数字作为宇宙

>>> universe = range(19000)
>>> result = [random.sample(universe, 1652) for x in range(1000)]

运行不到一秒钟。如果你想避免重复（首先不太可能），你可以使用一套

>>> result = set()
>>> while len(result) < 1000:
...     result.add(tuple(random.sample(universe, 1652)))

如何生成唯一的随机列表

2 个答案: