Question

我在两个数据对象（segs2和tn）中有两个文件和以下列（下面给出的是列名）。

names(cbind(segs2[,2:6]))
[1] "chrom"     "loc.start" "loc.end"   "num.mark"  "seg.mean" 

names(cbind(tn[,4:10]))
[1] "num_positions"      "normal_depth"       "tumor_depth"        "adjusted_log_ratio"
[5] "gc_content"         "region_call"        "raw_ratio"  

names(cbind(tn[,1:10]))
 [1] "chrom"              "chr_start"          "chr_stop"           "num_positions"     
 [5] "normal_depth"       "tumor_depth"        "adjusted_log_ratio" "gc_content"        
 [9] "region_call"        "raw_ratio"

我尝试通过染色体合并，开始和停止位置在两个文件中都很常见，但是具有不同的标题名称（合适的脚本有助于自动分析许多文件）;

filenum＆lt; - cbind（segs2 [，2：6]，tn [，1：10]，by = c（“chrom”，“loc.start”，“loc.end”，“chr_start”，“ chr_stop“））

data.frame（...，check.names = FALSE）出错：参数意味着不同的行数：1146,829244,5

file_num <- cbind(segs2[,2:6], tn[,1:10], by=c("chrom","loc.start","loc.end","chrom","chr_start","chr_stop"), check.names=TRUE)

然而，这不起作用，还有其他选择吗？

由于

玛

Answer 1

正如mplourde所提到的，我认为你想要的是：

merge(segs2, tn, 
      by.x=c("chrom", "loc.start", "loc.end"),
      by.y=c("chrom", "chr_start", "chr_stop"))

如果名称不同，您可以使用by.x和by.y来指定匹配哪些列。

通过匹配R中的3列来合并两个数据对象

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