如何绘制小提琴散点箱图（在R中）？

Question

我刚刚得到以下情节：

想知道如何在R中完成？ （或其他软件）

更新10.03.11 ：感谢所有参与回答此问题的人 - 您提供了很棒的解决方案！我在a post on my blog编译了这里提供的所有解决方案（以及我在网上发布的其他一些解决方案）。

Answer 1

Make.Funny.Plot或多或少地做了我认为它应该做的事情。根据自己的需要进行调整，可能会稍微优化一下，但这应该是一个不错的开始。

Make.Funny.Plot <- function(x){
    unique.vals <- length(unique(x))
    N <- length(x)
    N.val <- min(N/20,unique.vals)

    if(unique.vals>N.val){
      x <- ave(x,cut(x,N.val),FUN=min)
      x <- signif(x,4)
    }
    # construct the outline of the plot
    outline <- as.vector(table(x))
    outline <- outline/max(outline)

    # determine some correction to make the V shape,
    # based on the range
    y.corr <- diff(range(x))*0.05

    # Get the unique values
    yval <- sort(unique(x))

    plot(c(-1,1),c(min(yval),max(yval)),
        type="n",xaxt="n",xlab="")

    for(i in 1:length(yval)){
        n <- sum(x==yval[i])
        x.plot <- seq(-outline[i],outline[i],length=n)
        y.plot <- yval[i]+abs(x.plot)*y.corr
        points(x.plot,y.plot,pch=19,cex=0.5)
    }
}

N <- 500
x <- rpois(N,4)+abs(rnorm(N))
Make.Funny.Plot(x)

编辑：纠正，以便始终有效。

Answer 2

我最近遇到了the beeswarm package，这有点相似之处。

  

蜂群情节是一个   一维散点图如   “stripchart”，但密集，   非重叠点。

以下是一个例子：

  library(beeswarm)
  beeswarm(time_survival ~ event_survival, data = breast,
    method = 'smile',
    pch = 16, pwcol = as.numeric(ER),
    xlab = '', ylab = 'Follow-up time (months)',
    labels = c('Censored', 'Metastasis'))
  legend('topright', legend = levels(breast$ER),
    title = 'ER', pch = 16, col = 1:2)

http://www.cbs.dtu.dk/~eklund/beeswarm/beeswarm_example_03.png

Answer 3

我已经提出了与Joris类似的代码，但我认为这不仅仅是一个词干情节;这里我的意思是它们在每个系列中的y值是与箱内平均值的距离的绝对值，而x值更多地是关于该值是低于还是高于平均值。
示例代码（有时会抛出警告但有效）：

px<-function(x,N=40,...){
x<-sort(x);

#Cutting in bins
cut(x,N)->p;

#Calculate the means over bins
sapply(levels(p),function(i) mean(x[p==i]))->meansl;
means<-meansl[p];

#Calculate the mins over bins
sapply(levels(p),function(i) min(x[p==i]))->minl;
mins<-minl[p];

#Each dot is one value.
#X is an order of a value inside bin, moved so that the values lower than bin mean go below 0
X<-rep(0,length(x));
for(e in levels(p)) X[p==e]<-(1:sum(p==e))-1-sum((x-means)[p==e]<0);
#Y is a bin minum + absolute value of a difference between value and its bin mean
plot(X,mins+abs(x-means),pch=19,cex=0.5,...);
}

Answer 4

试用vioplot包：

library(vioplot)
vioplot(rnorm(100))

（有可怕的默认颜色; - ）

wvioplot包中还有wvioplot（）用于加权小提琴图，beanplot用于结合小提琴和地毯图。它们也可以通过lattice包获得，请参阅?panel.violin。

Answer 5

由于尚未提及此问题，因此还有ggbeeswarm作为基于ggplot2的相对较新的R包。

为ggplot添加另一个geom而不是geom_jitter等。

特别是 geom_quasirandom （请参阅下面的第二个示例）会产生非常好的结果，实际上我已将其修改为默认情节。

值得注意的还有包vipor（R中的VIolin POints），它使用标准R图形生成绘图，实际上ggbeeswarm也在幕后使用。

set.seed(12345)
install.packages('ggbeeswarm')
library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)

ggplot(iris,aes(Species, Sepal.Length)) + geom_beeswarm()

ggplot(iris,aes(Species, Sepal.Length)) + geom_quasirandom()

#compare to jitter
ggplot(iris,aes(Species, Sepal.Length)) + geom_jitter()