将定义半径的透明圆添加到R中的现有图

Question

我有一个带有X和Y坐标值的data.frame。 X轴是位置信息，Y轴是对数比值。这些点基于对数比值着色（绿色> 0.25，-0.25 <灰色<0.25，红色<-0.25）。橙色虚线水平线是log2值0.58,0和-1。

循环二进制分割算法分割对数比的变化，由水平蓝线表示。在附加的图像中，可以看到几个段，大多数是接近log2的0.靠近图的左端是小蓝色段，日志值接近0.58，并且小得多（由于周围的红点几乎看不见） ）日志值接近-1的蓝色段（图的右边缘）。我在另一个data.frame中有这些蓝色段的x和y坐标。我想实现以下目标

1）添加将这些蓝色区段限定在-0.70以上的圆圈。 log2＆gt; 0.50。这有助于识别可能遗漏的小段 2）使用Alpha值为这些圆圈添加透明色，以便看到蓝色片段 3）圆的大小将基于这些蓝色部分的宽度。

我也对在-0.70＆lt; -0.70＆lt; log2＆gt; 0.5。也许我应该禁止绘制找到这些蓝色部分的点（绿色和红色）。我用R来制作这个情节。感谢帮助。

这是使用的代码：有两个df对象。 df（X）包含Chr.no，Chr.Start，Chr.End和Log2。 df（Y）类似，但不同的col.names如loc。开始，和loc。结束。而不是Log2，他们有seg.mean值

for (i in 1:25)  {       # Plot each chromosome separately

  plot(X[which(X$Chr.No ==i),"Chr.Start"], X[which(X$Chr.No ==i),"Log2"], ylim=c(-4.0,4.0), col=X[which(X$Chr.No ==i),"Color"], pch=16, cex=0.4, ylab="Log2", xlab="Genomic Position", main= paste("KCL:180522_SS", "chromosome", i, sep=" "))
  abline(h=c(-1,0,log2(3/2)), lty=2, col="chocolate")
  xleft  = Y[which(Y$Chr.No ==i),"loc.start"]            # Left limit of the blue horizontal line
  xright = Y[which(Y$Chr.No ==i),"loc.end"]              # Right limit of the blue horizontal line
  ybottom= Y[which(Y$Chr.No ==i),"seg.mean"] - 0.010     # Adding thickness to the "seg.mean"
  ytop   = Y[which(Y$Chr.No ==i),"seg.mean"] + 0.010     # Adding thickness to the "seg.mean"
  rect(xleft=xleft, ybottom=ybottom, xright=xright, ytop=ytop, col="blue", border="blue")
}

@Dwin是的，“颜色”是“浅绿色”，“灰色”和“红色”的向量。这些是图（x，y）中pch = 16的颜色信息。我不想修改pch = 16分。水平的“蓝色”线段由'rect'添加，它们跨越许多pch = 16点。正如你所看到的，有许多“蓝色”段，一些非常小，一些大的长度，它们的log2值不同。这就是我想用填充的透明圆圈绑定的。不是所有的“蓝色”片段，而只是“蓝色”片段0.25＆lt; log2＆gt; 0.25。在这个图中，较小的“蓝色”片段靠近绘图的边缘，并且由于它们很难被发现，我想用它们周围的实心圆圈突出显示它们。如果我还不清楚，请告诉我。感谢

Answer 1

（删除了基于猜测蓝点（真正是段）的方式的错误方法。）

编辑：根据新信息，我建议绘制普通的“点”，即由（xleft + xright）/ 2形成的x向量处的空心圆和使用ytop的y向量（应该是相同的ybottom）每个符合您标准的选定ytop值。您可以创建一个逻辑向量来选择这些向量中的每一个。所以：

selvec <- ytop < -0.70 | ytop > 0.5
points ( x= (xleft[selvec]+xright[selvec])/2, y= ytop[selvec], cex =1.5, col="blue")

如果使用rgb（）函数创建具有透明度的颜色，也可以使用透明度：

points ( x= (xleft[selvec]+xright[selvec])/2, y= ytop[selvec], cex = 2, col=rgb(0, 0, 1, 0.3) )

如果你的输出设备支持它，

....应该给你透明的圈子。