Question

运行多个模型后，我需要在我的R脚本上运行system()命令来关闭我的EC2实例，但当我到达那一点时，我得到：

cannot popen 'ls', probable reason 'Cannot allocate memory'

注意：对于这个问题，我甚至尝试了ls无效

我的脚本流程如下

加载模型（约2GB）
挖掘文档并写入MySQL数据库

上述步骤使用不同型号重复约20次，每次平均尺寸为2GB

终止实例

此时我需要调用system("sudo shutdown -h now")并且没有任何反应，但是当我尝试system("sudo shutdown -h now",intern=TRUE)时，我收到了分配错误。

我在调用关闭之前尝试了rm()所有对象，但同样的错误仍然存在。

以下是我系统上的一些数据，它是大型EC2 Ubuntu实例

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] RTextTools_1.3.9   tau_0.0-15         glmnet_1.8         Matrix_1.0-6      
 [5] lattice_0.20-10    maxent_1.3.2       Rcpp_0.9.13        caTools_1.13      
 [9] bitops_1.0-4.1     ipred_0.8-13       prodlim_1.3.2      KernSmooth_2.23-8 
[13] survival_2.36-14   mlbench_2.1-1      MASS_7.3-21        rpart_3.1-54      
[17] e1071_1.6-1        class_7.3-4        tm_0.5-7.3         nnet_7.3-4        
[21] tree_1.0-31        randomForest_4.6-6 SparseM_0.96       RMySQL_0.9-3      
[25] ggplot2_0.9.1      DBI_0.2-5         

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-2   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.15.1       
 [5] labeling_0.2       memoise_0.1        munsell_0.3        plyr_1.7.1        
 [9] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1     scales_0.2.1      
[13] slam_0.1-25        stringr_0.6.1

gc（）返回

          used (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells 1143171 61.1    5234604  279.6   5268036  281.4
Vcells 1055057  8.1  465891772 3554.5 767962930 5859.1

我注意到如果我只运行1个模型而不是20个它可以正常工作，那么可能是每次运行后内存都没有获得自由，尽管我做了rm()使用过的对象

我还注意到，如果我关闭R并重新启动它然后调用system()它就可以了。如果有办法在R中重新启动R，那么我可以将其添加到我的script.sh流程中。

这是清理所有对象并让内存为每个循环释放的适当方法，所以当我需要调用system()命令时，没有内存问题？

任何正确方向的提示都将非常感谢！感谢

Answer 1

我只是张贴这个，因为它太长，不适合评论。由于您没有包含任何代码，因此很难提供建议。但是，这里有一些你可以考虑的代码。

wd <- getwd()
assign('.First', function(x) {
  require('plyr') #and whatever other packages you're using
  file.remove(".RData") #already been loaded
  rm(".Last", pos=.GlobalEnv) #otherwise won't be able to quit R without it restarting
  setwd(wd)
}, pos=.GlobalEnv)
assign(".Last", function() {
  system("R --no-site-file --no-init-file --quiet")
}, pos=.GlobalEnv)
save.image() #or only save the things you want to be reloaded.
q("no")

我们的想法是将您需要的内容保存在名为.RData的文件中。您创建了一个.Last函数，该函数将在您退出R时运行。.Last函数将启动R的新会话。并创建一个.First函数，该函数将立即运行R重新启动。 .First函数将加载您需要的包并进行清理。

现在，您可以退出R并重新加载所需的内容。

（q("no")表示不保存，但您已经保存了.RData中所需的所有内容（重新启动时将加载）

R虽然内存似乎可用，但无法分配内存

1 个答案: