R内存问题"无法分配内存"

时间:2016-01-09 21:28:43

标签: r memory

我正在使用HPC服务器运行R分析,尝试以大约9 GB的速度上传以前保存的R数据文件。

lnames <- load("LD.sixPop.RData")

Error: cannot allocate vector of size 4.7 Gb
Execution halted
Warning message:
system call failed: Cannot allocate memory 

我运行该作业的节点有32CPU和256GB RAM。 R怎么会抱怨内存问题?我尝试用gc()清理垃圾,但它没有解决问题。 另一个问题是:每当我尝试在终端中打开R时,即使没有命令&#34; load&#34;它也很难恢复保存的RData。当它在头节点运行时,我必须取消它以便不占用太多内存。

R sessionInfo()输出如下:

sessionInfo()

R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

欢迎任何建议。

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