如何在Jupyter Notebook中显示文件中的图像？

Question

我想使用IPython notebook作为交互式分析我使用Biopython的GenomeDiagram模块制作的一些基因组图表的方法。虽然有关于如何使用matplotlib在IPython笔记本中内联图形的大量文档，但GenomeDiagram使用了ReportLab工具包，我认为IPython中的内联图形不支持该工具包。

然而，我想，解决这个问题的方法是将图/基因组图表写入文件然后打开内联图像，这样的结果与此类似：

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

然而，我无法弄清楚如何做到这一点 - 或者知道是否可能。那么有人知道图像是否可以在IPython中打开/显示？

Answer 1

由this post提供，您可以执行以下操作：

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

（official docs）

Answer 2

如果您试图在循环中以这种方式显示图像，则需要将Image构造函数包装在显示方法中。

from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))

Answer 3

注意，直到现在发布的解决方案仅适用于png和jpg！

如果您希望在不导入更多库的情况下更轻松，或者想要在Ipython Notebook中显示动画或非动画GIF文件。将要显示它的行转换为markdown并使用这个漂亮的短黑客！

![alt text](test.gif "Title")

Answer 4

这将在Jupyter中导入并显示.jpg图像（在Anaconda环境中使用Python 2.7进行测试）

from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))

您可能需要安装PIL

<\ n>在Anaconda中，这是通过输入

来完成的

conda install pillow

Answer 5

您可以在markdown部分的html代码中使用： 例如：

 <img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />

Answer 6

由this页面提供，我发现当上述建议没有时，这有效：

import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))

Answer 7

如果要有效显示大量图像，建议使用IPyPlot package

import ipyplot

ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)

该软件包中还有一些其他有用的功能，您可以在其中以交互式选项卡（每个标签/类别的单独选项卡）显示图像，这对于所有ML分类任务都非常有用。

Answer 8

您还可以使用PIL在Jupyter Notebook中显示图像文件：

from PIL import Image
path = "cats/cat0.jpg"
display(Image.open(path))

这也适用于循环。

Answer 9

from IPython.display import Image

Image(filename =r'C:\user\path')

由于原始目录，我已经看到了一些解决方案，有些则行不通，当添加上述代码时，请记住在目录前添加“ r”。这应该避免这种错误：（unicode错误）“ unicodeescape”编解码器无法解码位置2-3中的字节：\ UXXXXXXXX转义被截断了

Answer 10

使用标准numpy，matplotlib和PIL的更干净的Python3版本。合并从URL打开的答案。

import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np

pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()

Answer 11

从图像数组中内联绘制的另一个选项可能是：

import IPython
def showimg(a):
    IPython.display.display(PIL.Image.fromarray(a))

其中a是一个数组

a.shape
(720, 1280, 3)

Answer 12

将GenomeDiagram与Jupyter（iPython）一起使用时，显示图像的最简单方法是将GenomeDiagram转换为PNG图像。这可以使用IPython.display.Image对象进行包装，以使其显示在笔记本中。

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
                fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))

[See Notebook]

Answer 13

另一个选择是：

from matplotlib import pyplot as plt 
from io import BytesIO
from PIL import Image
import Ipython

f = BytesIO()
plt.savefig(f, format='png')
Ipython.display.display(Ipython.display.Image(data=f.getvalue()))
f.close()