准备Perl文件以使用Ubuntu和tabix运行

时间:2012-07-31 17:13:52

标签: perl ubuntu bioinformatics vcftools

我不了解Ubunto或Perl,但仍然需要在其上安装和运行程序。 这就是我所看到的:http://vcftools.sourceforge.net/docs.html

在安装部分,它说:

  

要构建vcftools可执行文件,请在vcftools文件夹中键入“make”。

     

Perl脚本要求通过bgzip压缩VCF文件   由tabix索引(两个工具都是tabix包的一部分,可用   在这里下载)。这两个工具都必须位于列出的目录中   在PATH环境变量中。对于运行Perl脚本,   必须将PERL5LIB环境变量设置为包含Vcf.pm模块

     

导出PERL5LIB = / path /到/ your / installation / perl

好的,我将他们的VCFtools文件夹解压缩并复制到ubuntu的主文件夹中。然后我说“make”它给出了错误,然后我去了下载那个tabidx工具,但是从这一点开始我不知道该怎么做,好吧我下载了tabidx,但接下来要做什么以及如何做?

感谢。

1 个答案:

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find / -name Vcf.pm

如果它只给出一行 - 并且只有一行 - 你可以这样做:

export PERL5LIB=$( dirname $( find . -name Vcf.pm ))