使用OpenMP进行C / C的科学库

Question

我必须在某些算法中利用PpenMP，为此我需要一些数学函数，如eig或svd，因为它在MATLAB中可用，并且它在MATLAB中非常快。我已经使用OpenMP

尝试了以下库

1. GSL - GNU Scientific Library

2. Eigen C++ template library

但我不知道为什么我的OpenMP并行化代码比串行代码慢得多，可能是库中有一些错误，或者函数random，eig或{ {1}}阻止？我不知道如何解决这个问题，有些人可以建议我使用OpenMP最兼容的数学库。

Answer 1

我可以推荐英特尔的MKL;请注意，这笔费用可能会影响您的决定。我既不知道也不关心它是用什么语言编写的，只要它提供可从我选择的语言调用的API。我的是Fortran，但它也有C的绑定

如果你环顾四周，你会发现许多人的第一个（或第二个或第三个）OpenMP程序实际上比他们的串行版本慢的问题。看看一些答案。不要认为有一个库的形状的魔术子弹，以使您的代码更快。相反，要意识到你很可能已经编写了一个很差的并行程序并修复了它。

最后，如果您安装了Matlab，不要期望能够编写自己的例程来超越Matlab。我不会说不能这样做，但我认为你会发现它很难。

Answer 2

GSL与OpenMP兼容。您可以尝试使用免费试用版的英特尔数学核心库。 如果加速不是那么多，那么代码可能并不是很多可并行化的。您可能希望调试并查看英特尔®线程检查器中正在运行的线程的详细信息，这可能有助于查看瓶颈所在。

Answer 3

我认为你只是想找到一个已经线程化的lapack（或相关例程）的快速实现，但是从你的问题中说出来有点难以理解。高性能标志建议MKL，这是一个很好的例子;其他包括ATLAS或FLAME这些是开源的，但需要做一些建设。