Question

所以我正在处理以下代码。当我的Reff.txt有多行时，它顺利运行。但是当我的Reff.txt文件有一行时，它不起作用。这是为什么？我也想知道为什么我的代码不运行我的代码的“尝试”部分，但它总是只运行“异常”部分。

所以我有一个参考文件，其中包含一个id列表（每行一个id）
我使用参考文件（Reff.txt）作为参考，从网站搜索数据库，从网络中的服务器搜索数据库。
我应该得到的结果是应该有一个输出文件和包含该id信息的文件;对于每个参考ID

但是，此代码在我的“try：”部分中没有做任何事情

import sys

import urllib2

from lxml import etree

import os

getReference = open('Reff.txt','r') #open the file that contains list of reference ids

global tID 

for tID in getReference:    

    tID = tID.strip()

    try:
        with open(''+tID.strip()+'.txt') as f: pass
        fileInput = open(''+tID+'.txt','r')
        readAA = fileInput.read()
        store_value = (readAA.partition('\n'))
        aaSequence = store_value[2].replace('\n', '') #concatenate lines
        makeList = list(aaSequence)#print makeList
        inRange = ''
        fileAddress = '/database/int/data/'+tID+'.txt'
        filename = open(fileAddress,'r')#name of the working file
        print fileAddress
        with open(fileAddress,'rb') as f:
            root = etree.parse(f)
            for lcn in root.xpath("/protein/match[@dbname='PFAM']/lcn"):#find dbname =PFAM

                start = int(lcn.get("start"))#if it is PFAM then look for start value
                end = int(lcn.get("end"))#if it is PFAM then also look for end value
                while start <= end:
                    inRange = makeList[start]
                    start += 1
                    print outputFile.write(inRange) 
                    outputFile.close()
                break
            break
        break

    except IOError as e:


        newURL ='http://www.uniprot.org/uniprot/'+tID+'.fasta'
        print newURL
        response = urllib2.urlopen(''+newURL) #go to the website and grab the information 
        creatNew = open(''+uniprotID+'.txt','w')
        html = response.read() #read file
        creatNew.write(html) 
        creatNew.close()

Answer 1

因此，当您执行Try / Except时 - 如果尝试失败，则运行除外。除了总是在运行，因为Try总是失败。

最可能的原因是你有这个 - “print outputFile.write（inRange）”，但你之前没有声明过outputFile。

ETA：此外，您似乎只对测试for循环的第一遍感兴趣？你在这一点上打破了。在那种情况下，你的其他休息是无关紧要的，因为当那个休息时，它们永远不会被触及。

尝试：和异常：错误

1 个答案: