我是R的新手并尝试分析一些表达式数组数据。
对于基因表达分析，我们使用线性拟合和eBayes来计算数据。但是，如果我每个条件只有一个样本（例如，1个对照，1个实验），我是否仍然可以使用lmFit / eBayes函数或只是为MA结果执行命令以找出顶级基因。是因为计算协同效率需要每个条件至少两个样本吗？
我读了limma包手册。它列举了一些例子。我注意到在时间过程实验（第50页）中，壳体有两个0小时，两小时0小时，一个6小时重量，一个6小时亩，一个24小时重量和一个24小时亩。它完成了lmFit / eBayes流程。是因为这是一个时间过程案例吗？如果我有一个时间过程数据，每个条件仍然包含一个样本（例如，1个对照和1个实验，0小时，6小时，12小时和24小时），用lmFit / eBays计算协同效率是否合理？
非常感谢！
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由于方差为0，您将遇到经验贝叶斯平滑（标准误差）的问题。我尝试了一个玩具示例，这是它给出的错误：
> efit<-eBayes(fit)
Error in ebayes(fit = fit, proportion = proportion, stdev.coef.lim = stdev.coef.lim) :
No residual degrees of freedom in linear model fits
答案 1 :(得分：0)
是的，时间过程是一个特例。假设表达随时间平滑地改变，并且使用回归拟合时间趋势。 在所有其他设计中，您需要复制来检测差异表达。