我经常有一个主R Markdown文件或knitr LaTeX文件，其中我source一些其他R文件（例如，用于数据处理）。但是，我认为在某些情况下，将这些源文件作为自己的可再现文档（例如，R Markdown文件不仅包括用于数据处理的命令，而且还生成可重复的文档来解释数据处理将是有益的。决定）。
因此，我希望在我的主R Markdown文件中有一个像source('myfile.rmd')这样的命令。这将提取并获取myfile.rmd的R代码块内的所有R代码。当然，这会引起错误。
以下命令有效：
```{r message=FALSE, results='hide'}
knit('myfile.rmd', tangle=TRUE)
source('myfile.R')
```
如果需要输出，可以省略results='hide'。即，knitr将myfile.rmd的R代码输出到myfile.R。
然而，它似乎并不完美：
source(...)那么优雅。因此我的问题： 是否有更优雅的方式来获取R Markdown文件的R代码？
答案 0 :(得分：28)
看来你正在寻找单线。把它放在.Rprofile中怎么样？
ksource <- function(x, ...) {
library(knitr)
source(purl(x, output = tempfile()), ...)
}
但是，我不明白你为什么想要source() Rmd文件本身的代码。我的意思是knit()将运行本文档中的所有代码，如果您提取代码并在一个块中运行它，那么当您knit()此文档时，所有代码都将运行两次（您自己运行你自己）。这两项任务应该是分开的。
如果您真的想要运行所有代码，那么RStudio已经非常容易了：Ctrl + Shift + R。它基本上会在场景后面调用purl()和source()。
答案 1 :(得分：16)
将公共代码分解为单独的R文件，然后将该R文件导入到您希望的每个Rmd文件中。
所以举个例子，假设我需要做两份报告，流感爆发和枪支与黄油分析。当然，我会创建两个Rmd文档并完成它。
现在假设老板出现并希望看到流感爆发与黄油价格的变化（控制9毫米弹药）。
我的解决方案是将项目纳入这些文件：
在每个Rmd文件中我都有类似的内容：
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
这里的问题是我们失去了可重复性。我的解决方案是创建一个包含在每个Rmd文件中的公共子文档。所以在我创建的每个Rmd文件的末尾，我添加了这个：
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
当然，还有autodoc.Rmd：
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
### Source Code
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
N.B。，这是为Rmd设计的 - ＆gt; HTML工作流程。如果你选择乳胶或其他任何东西，这将是一个丑陋的混乱。此Rmd文档在全局环境中查找所有source（）'ed文件，并在文档末尾包含其源。它包括jquery ui，tablesorter，并设置文档以使用手风琴样式来显示/隐藏源文件。这是一项正在进行的工作，但可以根据自己的用途进行调整。
我知道，不是单行。希望它至少能给你一些想法：）
答案 2 :(得分：3)
可能人们应该开始思考不同。我的问题如下： 将通常在.R文件中的.Rmd块中的每个代码写入.R文件中。 对于你用来编织的Rmd文件，即html，你只剩下了
```{R Chunkname, Chunkoptions}
source(file.R)
```
通过这种方式，您可能会创建一堆.R文件，并且您将失去处理所有代码＆＃34; chunk after chunk＆＃34;使用ctrl + alt + n（或+ c，但通常这不起作用）。 但是，我读了Gandrud先生关于可重复研究的书，并意识到，他肯定只使用knitr和.Rmd文件来创建html文件。 Main Analysis本身是一个.R文件。 我认为。如果你开始在里面进行整个分析，.Rmd文档会迅速增长。
答案 3 :(得分：2)
如果您只是在代码之后，我认为这些内容应该有效：
readLines grep查找代码块，搜索以<<<开头的行，例如writeLines 将其包含在函数中应该可以满足您的需求。
答案 4 :(得分：2)
以下黑客对我很好：
library(readr)
library(stringr)
source_rmd <- function(file_path) {
stopifnot(is.character(file_path) && length(file_path) == 1)
.tmpfile <- tempfile(fileext = ".R")
.con <- file(.tmpfile)
on.exit(close(.con))
full_rmd <- read_file(file_path)
codes <- str_match_all(string = full_rmd, pattern = "```(?s)\\{r[^{}]*\\}\\s*\\n(.*?)```")
stopifnot(length(codes) == 1 && ncol(codes[[1]]) == 2)
codes <- paste(codes[[1]][, 2], collapse = "\n")
writeLines(codes, .con)
flush(.con)
cat(sprintf("R code extracted to tempfile: %s\nSourcing tempfile...", .tmpfile))
source(.tmpfile)
}
答案 5 :(得分：2)
尝试使用knitr的purl功能：
source(knitr::purl("myfile.rmd", quiet=TRUE))
答案 6 :(得分：1)
我建议将主分析和计算代码保存在.R文件中，并根据需要在.Rmd文件中导入块。我已经解释了流程here。
答案 7 :(得分：1)
我使用以下自定义功能
source_rmd <- function(rmd_file){
knitr::knit(rmd_file, output = tempfile())
}
source_rmd("munge_script.Rmd")
答案 8 :(得分：1)
sys.source（“ ./ your_script_file_name.R”，envir = knitr :: knit_global（））
在调用your_script_file_name.R中包含的功能之前，请输入此命令。
在your_script_file_name.R之前添加的“ ./”，以显示指向文件的方向（如果您已经创建了Project）。
您可以查看此链接以获取更多详细信息：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/source-script.html
答案 9 :(得分：0)
这对我有用
source("myfile.r", echo = TRUE, keep.source = TRUE)
答案 10 :(得分：0)
我使用这种单线：
```{r optional_chunklabel_for_yourfile_rmd, child = 'yourfile.Rmd'}
```