构建R包：'subject'没有可见的全局函数定义

Question

我是第一次建造一个R包，我遇到了一些麻烦。我正在进行R CMD检查，并收到以下错误：

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

我不确定是什么原因造成的。我的代码中甚至没有“主题”变量。代码相当冗长，所以我宁愿不粘贴所有代码，除非有人在评论中提问。我应该寻找具体的东西吗？我能想到的唯一一件事就是我有这样一条线：

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

但主题由Biostrings包中的pairwiseAlignment函数定义。谢谢你的帮助！

Answer 1

R发现了一个函数subject，在没有名为subject的函数可用的情况下使用。 this discussion on R-devel解释了一个可能的原因。在那种情况下，有条件地使用代码，例如，如果安装了某个软件包，我们会使用它的功能。在没有安装此软件包的系统上检查软件包时，我们会遇到这些类型的警告。所以请检查是否是这种情况。或者，您可能通过在没有任何功能的情况下呼叫主题而犯了错误，例如， subject不是一个功能，而只是一个对象。