Question

我在R中安装bioconductor包时遇到问题。这是在MacOSX上，全新安装R 2.15，并使用bioconductor 1.4.4。成绩如下：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller version 1.4.4, ?biocLite for help
> biocLite("Biobase")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using R version 2.15, BiocInstaller version 1.4.4.
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
Installing package(s) 'Biobase'
Error: Line starting '<!DOCTYPE html PUBLI ...' is malformed!
> traceback()
6: read.dcf(file = tmpf)
5: available.packages(contriburl = contriburl, method = method)
4: .install.macbinary(pkgs = pkgs, lib = lib, contriburl = contriburl, 
       method = method, available = available, destdir = destdir, 
       dependencies = dependencies, ...)
3: install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...)
2: biocLiteInstall(pkgs, ask = ask, siteRepos = siteRepos, suppressUpdates = suppressUpdates, 
       ...)
1: biocLite("Biobase")

我通过谷歌发现的相关问题提示互联网连接错误（代理等），但这似乎并非如此。我可以很好地安装CRAN的软件包:(即install.packages（“foreach”））

欢迎提出建议。

Answer 1

我相信这是一个错误，当我们的版本今天早上10点在西雅图时间结束时将会纠正错误 - CRANextras存储库不再适用于Mac，并且您正在看到重定向页面的顶部。寻找BiocInstaller版本＆gt; 1.4.5在source("http://bioconductor.org/biocLite.R")之后。 Bioconductor邮件列表上有一个email thread。

R Bioconductor安装错误 - 行开始'＆lt; DOCTYPE html PUBLI ...'格式错误

1 个答案: