在Windows上使用带有R的shQuote

Question

我正在测试R（Windows）中的bio3d软件包并遇到一个相当普遍的问题：

bio3d中的“seqaln”函数尝试发出以下系统命令：

#cmd = "muscle -in C:\\Users\\derek\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein"
system(shQuote(cmd))

据我所知，没有任何事情发生。但是，一旦我删除了“shQuote”，函数 - seqaln - 按预期工作。所有shQuote都会在命令周围添加一对“”：

"\"C:/_utils/muscle.exe -in C:\\Users\\kfoo\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein\""

使用shQuote有什么问题吗？

谢谢！

Answer 1

问题在于您将shQuote()应用于包含命令及其参数的字符串。 shQuote()中没有一个例子可以做到这一点，你也不应该这样做！

以下操作不起作用，原因与直接在Windows \"echo HelloWorld\"命令行输入时cmd失败的原因相同：

system(shQuote("echo HelloWorld"))

相反，您应该执行以下操作：

system("echo HelloWorld")
# HelloWorld

或者，如果你的命令及其参数都包含空格，你可以像这样使用shQuote()：

system(paste(shQuote("echo"), shQuote("HelloWorld")))
# HelloWorld