Sweave用户如何与Word用户协作？

Question

我想向SO社区推介讨论here的问题：Sweave用户与Word用户协作的最佳方式是什么？

我正在尝试将我的整个工作流程移至R和Sweave（或类似的，例如Knitr可能会更有用）。但是，我工作流程的最后一步通常是与合作者一起撰写手稿。他们的工作方式是来回传递MS Word文档，并使用Track Changes编辑文本。

让我们规定我不能说服他们任何人学习任何新软件 - 他们的过程不会改变。我正在寻找一种直截了当的方式：

1。）将Sweave创建的文档发送给共同作者

2.）允许他们在Word中打开文档并进行跟踪更改

3.）接收编辑后的文件，并将其重新纳入Sweave，理想情况下，合作者的更改以某种方式突出显示

4。）如果解决方案适用于OSX，那就太棒了。

讨论on the R help mailing list侧重于SWord，它似乎没有记录，仅适用于Windows。有谁知道它是否好？讨论on Vanderbilt's biostatistics wiki很好地解决了将Sweave文档转换成Word可读形式的问题，但没有关于如何将编辑过的Word文档与Sweave集成的方法。

Answer 1

我使用多种方法组合，具体取决于谁在编辑。我的默认设置是让编辑/协作者标记PDF或硬拷贝。 Foxit Reader是免费的，提供比Acrobat阅读器更广泛的PDF评论工具，尽管读者可以使用评论气泡。

对于更广泛的贡献，有助于我将文档的Sweave部分与正文分开，例如通过在results.Rnw中写入结果并将\input{results.tex}插入主文档中。这允许您发送不包含R标记的部分。您还可以将序言和参考书目之间的所有内容复制粘贴到word文档中，并要求用户忽略该标记。如果您从具有语法突出显示的编辑器进行复制粘贴，则可以将其复制到word，从而使该过程更容易。

您也可以考虑使用Inference for R，就像Sweave for Word一样。还有Lyx，它要求用户学习一个新程序，但比Sweave更容易使用。

Answer 2

我一直认为这是odfWeave的一个很好的用例......

Answer 3

我已经在这个问题上进行了几周的研究，这是我迄今为止所提出的问题。不幸的是，我的新手声誉不允许发布所有正确的链接，但Google搜索应该对所涉及的所有包都很明显。

LaTeX和Word之间的转换很麻烦，因此我认为使用允许导出到LaTeX和Word的第三种格式是可行的。有几种选择。首先，你有Markdown，一种标记语言，我甚至用来写这篇文章:)。 Markdown本身并不适合学术写作，但有一个extension正在开发中，允许引用，脚注和技术写作的其他功能。

第二，也许更有希望的是来自Docutils的reStructuredText标记，它可以处理引用。我的想法是使用reST编写我的文章，使用knitr将它们编织（或编织）成HTML或PDF，这本身就是从R.内部支持的.R代码当然可以嵌入，这就是重点。

要将文本转换为.doc，可以使用Pandoc，它也可以处理引文，并且能够在多种文档格式之间进行转换，包括PDF，Word，OpenDocument等。

我仍然需要完成整个工作流程。在没有引用的情况下转换格式对我来说似乎非常简单（即使它之后需要在Word中进行一些小的编辑）。使用引文仍需要一些解决方法。希望这些信息能够帮助那些处于可重复研究道路上的人，同时也需要与非极客群体分享文本。