exprs中的错误（eset）

Question

我正在尝试从一个dat文件中读取探针，将它们放在一个向量中，然后将该向量放入一个子集中，以便能够将更多数据连接到它并将其写入CSV文件中。这是我的代码：

library(Biobase)
library(affy)

affys <- read.csv("address of my dat file")
affys_vec <- as.vector(affys)[,1]

exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

write.csv(sub.set,file="subset.csv")

然而，当我到达：exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

时

我收到以下错误消息：

** Error in exprs(eset) :
  error in evaluating the argument object' in selecting a method for function 'exprs':
  Error: object 'eset' not found **

请问有什么建议吗？

谢谢，

pqtm

Answer 1

一旦安装了Biobase，请参阅计算机上可用的插图An introduction to Biobase and ExpressionSets

vignette(package="Biobase", "ExpressionSetIntroduction")

但是，您的想法是通过预处理某些CEL或其他特定于供应商的文件来创建eset。您如何预处理这些文件取决于您的文件，可能是affy或oligo或lumi，也可以来自使用ArrayExpress或{{{{}}等软件包的公共存储库3}}或许您正在使用GEOquery并且不需要表达式集。

limma网站和Bioconductor提供了更多信息。