使用R或Python加热二进制数据图

Question

我有一个0和1的二进制数据集，其中0表示缺席，1表示存在事件。

数据集的示例如下所示：

events    germany    Italy 
Rain      0          1
hail      1          0
sunny     0          0

我希望通过从文件中读取数据，以热图的形式获得此数据的红白图片。

Answer 1

编辑：在回复下面的评论时，这是一个示例数据文件（在磁盘上保存为“data.txt”）：

Rain  0 0 0 0 1 0 1 0 0 1
Hail  0 1 0 0 0 0 0 1 0 0
Sunny 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1

在python中，我们可以通过以下方式阅读标签并绘制这个“热图”：

from numpy import loadtxt
import pylab as plt

labels = loadtxt("data.txt", usecols=[0,],dtype=str)
A      = loadtxt("data.txt", usecols=range(1,10))

plt.imshow(A, interpolation='nearest', cmap=plt.cm.Reds)
plt.yticks(range(A.shape[0]), labels)

plt.show()
import pylab as plt

Answer 2

请参阅?image。使用您的数据

dat <- data.matrix(data.frame(Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0)))
rownames(dat) <- c("Rain","Hail","Sunny")

这让我们接近：

image(z = dat, col = c("white","red"))

但是更好地处理轴标签会很好......尝试：

op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1)
image(z = dat, col = c("white","red"), axes = FALSE)
axis(side = 1, labels = rownames(dat), 
     at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat)))
axis(side = 2, labels = colnames(dat), at = c(0,1), las = 1)
box()
par(op)

哪个给出了

要使热图反过来，转置dat（image(z = t(dat), ....)）并进入axis()来电，将side更改为2第一个和1在第二个电话中（并将las = 1移到另一个电话。即：

op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1)
image(z = t(dat2), col = c("white","red"), axes = FALSE)
axis(side = 2, labels = rownames(dat2), 
     at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat2)), las = 1)
axis(side = 1, labels = colnames(dat2), at = c(0,1))
box()
par(op)

Answer 3

在R中

尝试：

library(bipartite)
mat<-matrix(c(0,1,1,0,1,1),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("Rain","hail","sunny")
colnames(mat)<-c("Germany","Italy")
visweb(mat,type="None")

用于红色方块和标签尺寸控制：

visweb(mat,type="None",labsize=2,square="b",box.col="red") 

Answer 4

在R

中使用reshape和ggplot2

library(reshape)
library(ggplot2)

dat <- data.frame(weather=c("Rain","Hail","Sunny"), Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0))

melt.data<-melt(dat, id.vars="weather", variable_name="country")

qplot(data=melt.data,
      x=country,
      y=weather,
      fill=factor(value),
      geom="tile")+scale_fill_manual(values=c("0"="white", "1"="red"))

Answer 5

基地R中最简单的解决方案可能是：

rownames(dat) = dat$weather
heatmap(as.matrix(dat[,2:3]), scale='none')

...假设您的数据框名为dat。热图并不漂亮，但它快速而简单。第一行不是必需的。它只能使热图中显示天气标签。