我获得了一个数据集，其中包含来自大脑MRI扫描的图像细节。有了这些图像，我要移除头骨，这样只留下大脑。是否有可用于这些类型图像的良好分割技术？
答案 0 :(得分：6)
看起来头骨总是位于图像的外侧，而且它总是与大脑完全分开。
在图像中心画一条线，当找到第一个白色像素时停止 - 这将是头骨的一部分。找到连接到该像素的所有像素。移除它们，你就会被大脑留下。
这是“连通组件细分”问题。 MATLAB的图像处理工具箱具有bwconncomp()功能，可枚举黑白图像中的连接组件。 See this tutorial关于如何计算照片中的米粒 - 非常相似的问题。
答案 1 :(得分：0)
SPM8（统计参数映射）是一种免费但需要MATLAB的神经影像学软件。它可以使用MATLAB进行编程，它具有“分段”功能，可用于将灰质，白质和脑脊液与其余部分分开。使用SPM8，您还可以重新对齐图像并对其进行标准化以匹配某些模板图像等（如果您愿意）以及许多其他内容，具体取决于您是否具有解剖或功能性MR图像，或两者兼而有之。
FSL（FMRIB软件库）是一个免费的替代方案（不需要MATLAB，可以用Python编程），它还具有分段功能和许多其他功能。
答案 2 :(得分：0)
我建议您使用SPM进行头骨剥离 https://www.nitrc.org/projects/mrtool/
对结构体进行分段会生成许多遮罩（名为c＃filename.nii的文件），指示感兴趣的不同组织。
执行颅骨剥离，保留3类灰，白和CSF（遮罩c1.nii至c3.nii）并除去其余部分。分割后，只需使用SPM的“ imcalc”选项并将原始结构体积乘以这些蒙版的总和即可。
蚂蚁：
https://github.com/ANTsX/ANTs/blob/master/Scripts/antsBrainExtraction.sh
首先，您将需要antsBrainExtraction.sh脚本来运行大脑提取。您可以在安装步骤中克隆的中找到它。如果您使用的是二进制文件，则可能不存在。因此，您将需要创建一个名为antsBrainExtraction.sh的空文件。现在转到此处，将所有代码复制到您的文件中并保存。无论如何，您都应该使用shell脚本提取大脑。
第二，您将需要一个模板来执行脑部提取。 Gorgolewski博士推荐了OASIS。继续并从这里下载。其他模板也可以使用，但是由您自己决定哪种模板最适合您的数据。
现在，我们准备好进行大脑提取本身。实际上，这很简单。您所需要做的就是从bash终端运行以下命令：
antsBrainExtraction.sh -d -a \ -e -m -o
3DSlicer，最新版本： https://www.slicer.org/wiki/Modules:SkullStripperModule
顺便说一下，蚂蚁和切片器使用类似的方法。如果您还有其他问题，请告诉我
