我有一对蛋白质列表，我想比较“BLAST Two Sequences”的速度和准确度与Smith-Waterman程序的比对。 我知道NCBI网站上有一个“Blast Two Sequences”选项，但我想从python脚本运行它。也许Biopython有这种能力？ 如果我不能使用Blast Two Sequences，我将比较不同版本的Smith-Waterman，但这不会那么令人兴奋:) 或者，如果有人对生物信息学的高年级项目有另一个想法，包括比较蛋白质对，请不要犹豫，让我知道！提前谢谢。
答案 0 :(得分：0)
Chapter 7 (BLAST)应该有你想要的东西。
NCBBI模块允许与在线BLAST工具进行交互，Bio.Blast.Applications具有许多不同的局部对齐实用程序，Bio.Seq模块包含与不同序列交互的对象。
Biopython的documentation非常好，API通常写得很好。如果您正在寻找一个有趣的项目，我建议您阅读Tutorial and Cookbook - 这是对Biopython所提供的内容的一个很好的概述。