Kohonen包：样本中的错误（1：nd，ng，replace = FALSE）

Question

我正在尝试对我的23个样本的表达数据（约500个基因）运行监督的自组织映射。 将23个样品分成4组。 我想在这4组中获得具有相似表达模式的基因图谱。

使用xyf包的Kohonen函数进行超级建模时，

data.xyf<-xyf(data,Y=annotation)

我遇到以下错误：

Error in sample(1:nd, ng, replace = FALSE) :    cannot take a sample larger than the population when 'replace = FALSE'

我找不到在函数中调用replace=T的位置。包装手册中没有关于此主题的信息。

Answer 1

你显然有比观察更多的细胞： 你可以减少网格的尺寸（默认为8 * 6） 如文档?xyf中的示例所示。

xyf(data, Y=annotation, grid=somgrid(3,2))