如何将“ mnp”类的对象转换为“ mcmc”或“ mcmc.list”类?

时间:2019-08-29 19:01:41

标签: r bayesian mcmc log-likelihood

我正在使用R中的BayesianTools库。我有一个“ mnp”类的对象,它是多项式概率模型(离散选择模型,贝叶斯模型)的结果,需要测试模型的调整。为此,我需要将“ mnp”转换为“ mcmc”对象。

一些测试是:DIC(偏离信息标准),可能性或类似测试,以选择最简化的模型。 我已经从“ BayesianTools”包中找到了一些功能,但是我的对象必须是“ mcmc”或“ mcmc.list”类。 如何将“ mnp”转换为“ mcmc”对象?还是替代品来测试我的模型?

该包提供的示例:

library(BayesianTools)

ll <- generateTestDensityMultiNormal(sigma = "no correlation")
bayesianSetup = createBayesianSetup(likelihood = ll, lower = rep(-10, 3), upper = rep(10, 3))

iter = 1000
settings = list(iterations = iter, message = FALSE)
out <- runMCMC(bayesianSetup = bayesianSetup, sampler = "Metropolis", settings = settings)

summary(out)

“ out”对象是一个“ mcmc”,当显示“ summary(out)”时,将获得DIC,Gelman Rubin值以及参数之间的相关性。

我也尝试过'gelman.plot',这是一个获取模型调整值的函数,会给我一个错误:

  

错误:无法分配大小为38.9 Mb的向量

有没有办法减小3个元素的向量的大小?

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