用于绘制allEffects的反变换响应

时间:2019-03-07 20:31:11

标签: r plot

我使用glmer包中的lme4拟合了一些模型,并使用MuMIn::dredge()进行了模型选择,然后进行模型平均。我的回答是在相机陷阱前出现动物的频率(连续,每100小时相机拍摄的照片数量);预测指标是从相机陷阱到风景类别的最小距离(以米为单位),有时与白天阶段(白天/夜晚)互动。

响应显示为Gamma分布,但是要使模型正常工作,我必须通过加1来转换响应,因为Gamma分布无法处理非正数数据,并且我的很多数据点都为零,如图所示在此直方图中:

in this histogram

此外,我必须调整预测变量,否则会收到类似

的收敛警告
  

模型几乎无法识别:特征值比大-重新缩放变量?

我是通过scale(..., center = TRUE)完成的。

我的模型公式如下:

mod <- glmer(Species_Frequency ~ scaled_Minimal_Distance1 + 
   scaled_Minimal_Distance2 + 
   (scaled_Minimal_Distance3 * Dayphase), 
data = data, 
na.action = na.fail, 
family = Gamma(link = "log"), 
control = glmerControl(optimizer = "bobyqa"))

现在,我想使用mod绘制plot(allEffects(mod))的结果。

对于绘图,我将通过访问

allEffects对象中对预测变量进行缩放。

allEffects(mod)[["scaled_Minimal_Distance1"]][["x"]][["scaled_Minimal_Distance1"]]并按照Here所示进行操作。我还想对我的回答进行回变,以使情节更容易理解。否则,人们总是要记住y轴上的1实际上是0,2是1,依此类推。有人会帮我解决这个问题,因为我遇到了障碍,似乎无法自己弄清楚。

非常感谢您。

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