我正在使用ELKI进行聚类，并且在许多数据集上尝试了1000次以上，这很好：D 但是，当我在其中一个文件（这是最大的文件）上运行它时，我看到初始化树时出错。 有什么问题？我该如何解决？
整个命令和结果在这里：
java -jar elki-bundle-0.7.1.jar KDDCLIApplication -verbose -verbose -enableDebug true -dbc.in my_input -parser.labelIndices 0 -db.index tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeFactory -time -algorithm clustering.DBSCAN -algorithm.distancefunction geo.LngLatDistanceFunction -geo.model SphericalHaversineEarthModel -dbscan.epsilon 50.0 -dbscan.minpts 446 -resulthandler ResultWriter,ExportVisualizations -out my_output -vis.output my_visOutput
de.lmu.ifi.dbs.elki.datasource.FileBasedDatabaseConnection.load：5716 女士 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.directory.capacity： 95 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.directory.minfill： 38 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.leaf.capacity： 153 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.leaf.minfill： 61节点不是目录节点！ java.lang.UnsupportedOperationException：节点不是目录节点！ 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.AbstractNode.addDirectoryEntry（AbstractNode.java:240） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.insertDirectoryEntry（AbstractRStarTree.java:194） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.reInsert（AbstractRStarTree.java:655） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.strategies.overflow.LimitedReinsertOverflowTreatment.handleOverflow（LimitedReinsertOverflowTreatment.java:97） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.overflowTreatment（AbstractRStarTree.java:571） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.adjustTree（AbstractRStarTree.java:676） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.adjustTree（AbstractRStarTree.java:705） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.insertLeafEntry（AbstractRStarTree.java:175） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.reInsert（AbstractRStarTree.java:649） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.strategies.overflow.LimitedReinsertOverflowTreatment.handleOverflow（LimitedReinsertOverflowTreatment.java:97） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.overflowTreatment（AbstractRStarTree.java:571） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.adjustTree（AbstractRStarTree.java:676） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.insertLeafEntry（AbstractRStarTree.java:175） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.AbstractRStarTree.insertLeaf（AbstractRStarTree.java:151） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.insert（RStarTreeIndex.java:104） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.insertAll（RStarTreeIndex.java:129） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.index.tree.spatial.rstarvariants.rstar.RStarTreeIndex.initialize（RStarTreeIndex.java:94） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.database.StaticArrayDatabase.initialize（StaticArrayDatabase.java:168） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.workflow.InputStep.getDatabase（InputStep.java:63） 在de.lmu.ifi.dbs.elki.KDDTask.run（KDDTask.java:108）在 de.lmu.ifi.dbs.elki.application.KDDCLIApplication.run（KDDCLIApplication.java:61） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.application.AbstractApplication.runCLIApplication（AbstractApplication.java:194） 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.application.KDDCLIApplication.main（KDDCLIApplication.java:96） 在sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0（本机方法）处 sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke（NativeMethodAccessorImpl.java:62） 在 sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke（DelegatingMethodAccessorImpl.java:43） 在java.lang.reflect.Method.invoke（Method.java:498）在 de.lmu.ifi.dbs.elki.application.ELKILauncher.main（ELKILauncher.java:60）
答案 0 :(得分：1)
不幸的是，没有数据，几乎无法再现。
显然，树中存在一些不一致之处，其中树不再正确地平衡。这将需要花费大量的精力进行调试，因此，如果您可以找到此 bug ，那么当然很好。快速查看堆栈轨迹，似乎是重新插入导致了第二次重新插入（IIRC，R *树允许同时进行多次重新插入，但只能在不同的级别；这实际上可能是不同的级别）。但是重新插入确实很难正确。实际上，我在某个地方可以更快更干净地实现ELKI的R树，但是我从来没有做过干净的重新插入。因此它们没有当前所有的功能（这就是为什么重写从未合并到ELKI中的原因）。
作为一种简单的解决方法（无论如何还是建议这样做），请改为使用-spatial.bulkstrategy SortTileRecursiveBulkSplit批量加载树。然后，将永远不会使用此代码路径（而且，无论如何，树都会更好，这会显着更快，因为“全局”批量加载会产生不重叠的叶子页面和低重叠的树）最佳填充）。
在indexing documentation中推荐这样做，因为它具有更好的性能。