Question

我尝试将R与Bioconductor一起使用，以创建用于分析大流式细胞仪数据集的一般工作流程。我基本上跟着this guide。

但是，我坚持使用质量控制部分。通常，任务是创建一个文件夹并将pdf写入其中。这个代码非常简单：

QAdest <- tempdir()
qp1 <- qaProcess.marginevents(flowdata, channels = c("FSC-A","SSC-A"),
                              outdir = QAdest, pdf = T) 
qp2 <- qaProcess.cellnumber(tData, outdir = QAdest, cFactor = 2, pdf = TRUE)
qp3 <- qaProcess.timeline(tData, channels = "FSC-A", outdir = QAdest, cutoff = 1, pdf = TRUE)
qp4 <- qaProcess.timeflow(tData, channels = "FSC-A", outdir = QAdest, cutoff = 2, pdf = TRUE)

url <- writeQAReport(tData, processes = list(qp1, qp2, qp3, qp4), outdir = QAdest, pdf = TRUE)

不幸的是，这段代码不起作用，我总是收到以下错误消息：

Error in system(paste("identify", shQuote(fileName)), intern = TRUE) : 
  'identify' not found

变量flowdata和tData之前被定义为流程集，并与其他函数一起使用。此外，R成功创建了各个摘要，但由于提到的错误，没有定义变量qp1到qp4。因此writeQAReport函数不起作用。

此外，使用其他目录（而不是tempdir文件夹）也不起作用。我也重新安装了R和RStudio，但它没有帮助。

我猜这个错误与bioconductor本身无关，而是与系统调用有关。我无法找到解决这个问题的方法，希望你能帮助我。

如果重要的话，我正在运行Windows 10并使用RStudio。

非常感谢！

Answer 1

您在上面引用的行是尝试调用系统函数identify，我认为它来自ImageMagick，因此需要在您的计算机上安装ImageMagick。

也许more recent workflow（你引用的那个是8岁）更有帮助吗？

系统出错（粘贴（＆＃34;识别＆＃34;，shQuote（fileName）），intern = TRUE）：＆＃39;识别＆＃39;找不到

1 个答案: