在简单的snakemake工作流程中使用conda环境

Question

我想知道如何最好 - 或最简单 - 使用snakemake与conda一起使用。我知道“--use-conda”选项与每个规则的yaml文件。 但是，对于一个简单的snakemake工作流程，我认为它会更容易 （i）激活单个现有的conda环境，（ii）运行snakemake工作流程，以及（iii）再次停用环境。

• 这是一个好的，简单的策略，还是首选的解决方案？

• 我是否需要在所有相关的conda环境中包含Snakemake及其依赖项，还是应该全局安装snakemake？

• 我可以引用现有的conda环境而不是提供conda yaml描述吗？

Answer 1

根据我在Linux环境（Redhat // CentOS）中的经验，设置启动conda环境的本地别名，在登录时调用它，然后在该conda环境中运行并运行所有内容非常方便。

Works great with the Linux screen functionality.

要运行大批量生产，我将使用一个屏幕（Linux），它将快速复制现有环境（因此已经加载了conda环境）到一个新屏幕。这样你可以关闭窗口，仍然在其他地方工作。我发现从5个或更多不同的终端会话运行相同的conda环境（例如“source activate myCondaEvn-2017”）没有任何问题。

我总是使用conda来管理运行Snakemake的任何东西。但实际上我从来不需要在生产中使用--conda调用。嵌套conda环境是可能的，但是，为每个规则创建一个conda环境的成本（当我有100个规则时）成本太高。它允许我同时运行Python 2和Python 3，但实际上我从未使用过需要它的软件。