如何在snakemake中使用每条规则的环境？

Question

我有一个包含多个规则的工作流程。一条规则需要一个py2依赖工具。因此，我想为这个特定的规则指定一个conda环境，但是我得到了一个错误。

环境：Debian 8，Conda 4.3.25和snakemake 3.11.2

以下是我运行工作流程的方法：

1. 使用conda env create --name myworkflow --file environment.yml
创建默认环境
2. source activate myworkflow
3. snakemake -ps workflow.snake --use-conda

它正在尝试创建环境，但后来遇到错误 如果我跑

   conda create env --name python2_tool --file environment2.yaml

从激活的环境中没有错误。但是使用--prefix它不起作用。

所以我想知道这里出了什么问题？

错误如下：

ERROR conda.core.link:_execute_actions(337): An error occurred while installing package 'defaults::icu-54.1-0'
OSError(95, 'Operation not supported')            
Attempting to roll back.                 
OSError(95, 'Operation not supported') 

导致问题的规则如下：

rule annotation:
  input: "{condition}.bed"
  output: "{condition}_annotated.bed"
  threads: 8
  conda: 
    "envs/environment2.yml"
  shell:
    "wrapper.sh -i {input} -o {output} -c {threads}"