每个堆栈以不同顺序堆叠条

Question

自ggplot2 2.0.0起，order美学已被弃用，自ggplot2 2.2.0起，堆叠顺序将锁定为分组。

你可以做一些简单的事情，比如使用position_stack进行反向或调整，但是你可以根据值以不同的顺序堆叠条形码吗？

例如，我的以下情节受到RNA序列标识的启发：

如何按降序对每个堆栈进行排序？对于位置7，这将把“G”（红色）置于顶部，然后是“A”（黄色），然后是“U”（蓝色），最后是“C”（绿色）。但对于位置8，“U”（蓝色）将位于顶部。

Answer 1

对于这种类型的绘图，我将构建一个由geom_rect绘制的数据集。例如，构造下面的数据集，使得矩形的ymin和ymax由每个位置处的ACGT的顺序定义。下面的图形可能与您在问题中的图形看起来不太一样，但所提供的方法应该根据您的数据集生成类似的图形。您可能需要调整geom_text值和颜色，但我认为要回答的主要问题是如何构建数据集并绘制它。

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)

# Make some random data
set.seed(42) 
rna_seq_data <-
  data_frame(position = 1:25,
             A = floor(runif(25, 0, 5000)),
             C = floor(runif(25, 0, 5000)),
             G = floor(runif(25, 0, 5000)),
             T = floor(runif(25, 0, 5000))) 

tidyr::gather(rna_seq_data, key, value, -position) %>% 
  dplyr::group_by(position) %>%
  dplyr::mutate(order = rank(value)) %>%
  dplyr::arrange(position, order) %>%
  dplyr::mutate(ymin = dplyr::if_else(order == 1, 0, lag(value)),
                ymax = cumsum(value), 
                xmin = position - 0.45,
                xmax = position + 0.45) %>% 
  dplyr::ungroup() %>% 
ggplot(.) +
  aes(xmin = xmin, xmax = xmax, ymin = ymin, ymax = ymax, fill = key) +
  geom_rect()