Question

我正在提出我之前提出的两个问题：

Put figure directly into Knitr document (without saving file of it in folder)
Put figure directly into Knitr document (without saving file of it in folder) Part 2

我正在编写一个R包，为输出数据摘要的用户生成.pdf文件。我在包中有一个.Rnw脚本（这里，我的MWE称为test.Rnw）。用户可以这样做：

knit2pdf("test.Rnw", clean=T)

这使得这个过程变得简单，因为它会自动从.tex文件创建.pdf文件，并为它们删除不必要的文件（例如.aux和.log）。它还将任何图像存储到临时目录中（使用tempdir（）），然后系统将这些图像合并到.tex和.pdf文件中后，将由系统定期擦除。这意味着他们也不必擦除图像文件。

以下是我的测试.RWW MWE：

\documentclass[nohyper]{tufte-handout}
\usepackage{tabularx} 
\usepackage{longtable}

\setcaptionfont{% changes caption font characteristics
  \normalfont\footnotesize
  \color{black}% <-- set color here
}

\begin{document}

<<setup, echo=FALSE>>=
  library(knitr)
library(xtable)
library(ggplot2)
# Specify directory for figure output in a temporary directory
temppath <- tempdir()
opts_chunk$set(fig.path = temppath)
@

  <<diamondData, echo=FALSE, fig.env = "marginfigure", out.width="0.95\\linewidth", fig.cap = "The diamond dataset has varibles depth and price.",fig.lp="mar:">>=
  print(qplot(depth,price,data=diamonds))
@

  <<echo=FALSE,results='asis'>>=
  myDF <- data.frame(a = rnorm(1:10), b = letters[1:10])
print(xtable(myDF, caption= 'This data frame shows ten random variables from the distribution and a corresponding letter', label='tab:dataFrame'), floating = FALSE, tabular.environment = "longtable", include.rownames=FALSE)
@

  Figure \ref{mar:diamondData} shows the diamonds data set, with the
variables price and depth.Table \ref{tab:dataFrame} shows letters a through j
corresponding to a random variable from a normal distribution.

\end{document}

我应该注意到，实际上，我的包中还有另一个.Rnw文件，它通过以下方式调用test.Rnw文件：

knit2pdf("/inst/Rnw/test.Rnw","/path/test.tex",clean=T)

无论如何，我试图让这个软件包准备好提交给CRAN并遇到两个问题：

1）首先是一个更令人困惑的问题：上面的MWE代码似乎适用于Mac系统，但似乎不适用于Windows系统！在Windows上，生成的.pdf文件不包含图像。经过故障排除后，我想我已经找到了问题，但仍然无法找到解决方案。

基本上，在Windows上，似乎tempdir（）命令将创建一个带有双反斜杠的路径，例如\\ this \\是\\ myPath。然后，在.tex文件中，到临时目录（包含图像）的路径是单反斜杠，例如\ this \是\ myPath。但是，这些应该是单正斜杠，例如/ this / is / myPath，以便.tex文件找到存储在临时目录中的图像。

实际上，如果我手动在Windows中的.tex文件中将反斜杠更改为正斜杠，那么我可以将其成功转换为成功包含图像的.pdf文件。

我不确定如何在我的语法中解决这个问题。我认为这将是一个简单的解决方案，但如果我只是做一些像：

# Specify directory for figure output in a temporary directory
temppath <- tempdir()
gsub("\\\\", "/", temppath)

然后，即使.tex文件包含所需的正确单个正斜杠，也无法将图像存储在Windows上的临时目录中。（我相信）同一个变量用于表示临时目录位置，以及.tex文件中的图像位置，它们必须有不同的斜杠方向。

我有点意外，早些时候没有出现过（至少在我的研究中）。也许人们在运行knitr时没有自动图像擦除？

2）我想知道我是否可以在我的另一个.Rnw文件中添加第二行来调用：

knit2pdf("/inst/Rnw/test.Rnw","/path/test.tex",clean=T)
system(sprintf("%s", paste0("rm -r ", "/path/myFile.tex")))

这样也可以自动删除.tex文件。我试图确认CRAN标准可以接受这样的语法，因为它确实涉及从用户的计算机中删除文件（看起来像危险/恶意软件），尽管它专门指向它刚刚生成的.tex文件，并且所以它不应该删除任何对他们重要的东西。

*注意：我默认删除所有中间文件，因此用户只处理.pdf文件。但是，我仍然允许用户选择违反此默认值，并在需要时保留这些中间文件。

Answer 1

你提供的代码给我一个关于特定于Sweave的表达式的编织警告：\SweaveOpts{concordance=TRUE}如果我删除它，页面为我编译（有很多盒子错误）并在Windows中生成带有图形的PDF（和Ubuntu的）。

我也不清楚为什么要首先指定自己的临时目录：knitr不会为你处理这个问题？

我刚安装了MikTex并对其进行了更新（许多软件包在安装后立即使用4或5年）。

我尝试使用R-devel和R-3.2.2：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_1.0.1 xtable_1.7-4  knitr_1.11   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.0      digest_0.6.8     MASS_7.3-44      grid_3.2.2       plyr_1.8.3       gtable_0.1.2     formatR_1.2     
 [8] magrittr_1.5     evaluate_0.7.2   scales_0.3.0     stringi_0.5-5    reshape2_1.4.1   labeling_0.3     proto_0.3-10    
[15] tools_3.2.2      stringr_1.0.0    munsell_0.4.2    colorspace_1.2-6

sessionInfo()
R Under development (unstable) (2015-09-27 r69432)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_1.0.1 xtable_1.7-4  knitr_1.11   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.0      digest_0.6.8     MASS_7.3-44      grid_3.3.0       plyr_1.8.3       gtable_0.1.2     formatR_1.2     
 [8] magrittr_1.5     evaluate_0.7.2   scales_0.3.0     stringi_0.5-5    reshape2_1.4.1   labeling_0.3     proto_0.3-10    
[15] tools_3.3.0      stringr_1.0.0    munsell_0.4.2    colorspace_1.2-6

将图直接放入Knitr文档（不保存文件夹中的文件）第3部分

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