Question

我正在扩展我最近在此发布的问题（Put figure directly into Knitr document (without saving file of it in folder)）。

我正在编写一个R包，为输出数据摘要的用户生成.pdf文件。我在包中有一个.Rnw脚本（这里，我的MWE称为test.Rnw）。用户可以这样做：

1) knit("test.Rnw") to create a test.tex file
2) "pdflatex test.tex" to create the test.pdf summary output file.

.Rnw文件生成许多图像。最初，这些都保存在当前目录中。这些图像被保存到目录中（或者在.tex文件上调用pdflatex时创建的.aux或.log文件）看起来并不像它一样整洁（因为用户必须记得删除这些图像文件）。其次，我还担心当脚本多次运行时，这种不整洁可能会导致问题。

因此，在我之前的帖子中，我们通过将图像保存到临时文件夹来改进.Rnw文件。我被告知每次打开一个新的R会话时，临时文件夹中的文件都会被删除。但是，我仍然担心某些事情：

1）我觉得我可能需要插入一行，如第19行所示：

system(sprintf("%s", paste0("rm -r ", temppath, "/*")))

每次运行.Rnw文件时自动删除临时文件夹中的文件（这样每次重新启动R时都不会删除图像）。这将使当前目录保持图像清洁，并且用户不必记住手动删除图像。但是，我不知道这个＆＃34;解决方案＆＃34;将通过CRAN标准有一行删除临时文件夹中的文件。原因是它删除了用户系统中的文件，如果其他程序将文件写入临时文件夹，则可能会导致问题。我觉得我已经读过有关CRAN的信息，因为显而易见的原因，不允许从用户的计算机上写/删除文件。 CRAN对这种做法有多严格？有没有一种安全的方法呢？

2）如果在临时文件中写入和删除图像文件不起作用，那么实现相同效果的另一种方法是什么（运行脚本而不会在文件夹中创建繁琐的图像文件）？是否可以将图像直接嵌入输出文件中（不需要保存到任何目录）？我很确定这是不可能的。但是，我被告知可以使用.Rmd这样做，并且我可以将.Rnw转换为.Rmd。这可能很困难，因为.Rnw文件必须遵循某些格式（文本和边距）才能获得正确的输出，并且它非常长。是否可以仅对生成图像的块使用.Rmd功能（将图像直接插入输出），而不重写整个.Rnw文件？

以下是我的MWE：

\documentclass[nohyper]{tufte-handout}
\usepackage{tabularx} 
\usepackage{longtable}

\setcaptionfont{% changes caption font characteristics
  \normalfont\footnotesize
  \color{black}% <-- set color here
}

\begin{document}

<<setup, echo=FALSE>>=
library(knitr)
library(xtable)
library(ggplot2)
# Specify directory for figure output in a temporary directory
temppath <- tempdir()
# Erase all files in this temp directory first?
#system(sprintf("%s", paste0("rm -r ", temppath, "/*")))
opts_chunk$set(fig.path = temppath)
@

<<diamondData, echo=FALSE, fig.env = "marginfigure", out.width="0.95\\linewidth", fig.cap = "The diamond dataset has varibles depth and price.",fig.lp="mar:">>=
print(qplot(depth,price,data=diamonds))
@

<<echo=FALSE,results='asis'>>=
myDF <- data.frame(a = rnorm(1:10), b = letters[1:10])
print(xtable(myDF, caption= 'This data frame shows ten random variables from the distribution and a corresponding letter', label='tab:dataFrame'), floating = FALSE, tabular.environment = "longtable", include.rownames=FALSE)
@

Figure \ref{mar:diamondData} shows the diamonds data set, with the
variables price and depth.Table \ref{tab:dataFrame} shows letters a through j
corresponding to a random variable from a normal distribution.

\end{document}

将图直接放入Knitr文档（不保存文件夹中的文件）第2部分

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