我正在尝试将一系列字符对齐在一起，我发现使用像Needleman-Wunsch或Smith-Waterman这样的动态编程的序列对齐算法只能将一个字符与一个字符对齐，旁边允许字符替换，删除或插入。 / p>
例如，如果我有一组类似声音的字符，例如
monir, monier, muneer, munir, mounir, mouneer
对齐算法将产生以下输出
m u n i - r
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m o n e e r
是否有办法调整这些算法（或替代算法）以考虑使用多个字符对齐/替换字符以输出类似
的内容m u n i r
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m o n ee r
请注意，我没有类似声音字符的预定义列表，所以我试图将相似的单词对齐在一起，以便提取这些对齐。