我有一个包含3个因子级别和2个响应变量的数据框。 我想看看每个f1'条件' “和”的数量是多少?每个f2'显着不同。
> str(qval_smhub_mltP)
'data.frame': 1401045 obs. of 5 variables:
$ gene : Factor w/ 10695 levels "P10-Lib-othLoc-PA0003-recF-NA-7881-b3700-eco.recF",..: 3361 4513 3219 3089 3988 4519 4414 4132 3072 4432 ...
$ condition: Factor w/ 131 levels "A22.0.5","A22.1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ qval : num 0.601 0.731 0.383 0.68 0.143 ...
$ plate : Factor w/ 7 levels "P10","P11","P5",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
$ pheno : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
我尝试了以下ddply解决方案。
CondPlate_PhenoPval<-ddply(qval_smhub_mltP,"condition",
function(x) {
k<-kruskal.test(pheno~plate,data=qval_smhub_mltP)
# if (k$p.value < 0.05){
# ggplot(x,aes
# ggsave(file = paste(out_dir(paste(set,org,x$condition,"boxplotPhenoPerPlate.pdf",sep="."),sep="")))
# }
with(k,data.frame(statistic,p.value))
}
)
但是,我认为输出是错误的,因为我得到了每个条件的相同答案。 关于我做错的任何想法。 离。
119 STREPTOMYCIN.4 440.3202 5.943961e-92
120 SULFAMONOMETHOXINE.50 440.3202 5.943961e-92
121 TEMP.30D 440.3202 5.943961e-92
122 TEMP.42D 440.3202 5.943961e-92
123 TIGECYCLINE.0.25 440.3202 5.943961e-92
124 TIGECYCLINE.1.6 440.3202 5.943961e-92
125 TOBRAMYCIN.0.01 440.3202 5.943961e-92
126 TOBRAMYCIN.0.025 440.3202 5.943961e-92
127 TOBRAMYCIN.0.05 440.3202 5.943961e-92
128 TOBRAMYCIN.0.1 440.3202 5.943961e-92
129 VERAPAMIL.500 440.3202 5.943961e-92
130 YEPD.CANDIDAC 440.3202 5.943961e-92
另外,如果我想为每个条件保存箱图,那么上面的注释部分是否正确?