使用R中的data.tables的凸壳ggplot

Question

我在这里找到了一个使用ggplot和ddply绘制凸包形状的好例子： Drawing outlines around multiple geom_point groups with ggplot

我以为我会尝试类似的东西 - 创建像Ashby Diagram这样的东西 - 用data.table包来练习：

test<-function()
{
library(data.table)
library(ggplot2)

set.seed(1)

这里我定义了一个简单的表：

dt<-data.table(xdata=runif(15),ydata=runif(15),level=rep(c("a","b","c"),each=5),key="level")

然后我按级别定义船体位置：

hulls<-dt[,as.integer(chull(.SD)),by=level]
setnames(hulls,"V1","hcol")

所以我的想法是将船体与dt合并，这样我最终可以操纵船体以获得ggplot的正确形式（如下所示）：

ashby<-ggplot(dt,aes(x=xdata,y=ydata,color=level))+
        geom_point()+
        geom_line()+
        geom_polygon(data=hulls,aes(fill=level))
}

但似乎无论如何我尝试合并外壳和dt，我都会收到错误。例如，merge（hulls，dt）会产生错误，如脚注1 所示。

这似乎应该很简单，我确信我只是遗漏了一些明显的东西。任何关于类似帖子的方向或关于如何为ggplot准备船体的想法都非常感谢。或者如果您认为最好坚持采用ddply方法，请告诉我。

不受欢迎的输出示例：

test<-function(){
    library(data.table)
    library(ggplot2)
    dt<-data.table(xdata=runif(15),ydata=runif(15),level=rep(c("a","b","c"),each=5),key="level")
    set.seed(1)
    hulls<-dt[,as.integer(chull(.SD)),by=level]
    setnames(hulls,"V1","hcol")
    setkey(dt, 'level') #setting the key seems unneeded
    setkey(hulls, 'level')
    hulls<-hulls[dt, allow.cartesian = TRUE]
    ggplot(dt,aes(x=xdata,y=ydata,color=level))+
            geom_point()+
            geom_polygon(data=hulls,aes(fill=level))
}

导致一堆交错的多边形：

脚注1：

  

vecseq中的错误（f __，len __，if（allow.cartesian）否则为NULL   as.integer（max（nrow（x）,: Join结果为60行;超过15 =   MAX（nrow（x）中，nrow（I））。检查i中的重复键值   它一遍又一遍地加入x中的同一组。如果那没关系，   尝试包括j并删除by（by-without-by）以便j运行   每组避免大量分配。如果你确定你想   继续，用allow.cartesian = TRUE重新运行。否则，请搜索   FAQ，Wiki，Stack Overflow和datatable-help中的此错误消息   建议。

Answer 1

这是你想要做的。生成一些随机数据：

library(ggplot2)
library(data.table)
# You have to set the seed _before_ you generate random data, not after
set.seed(1) 
dt <- data.table(xdata=runif(15), ydata=runif(15), level=rep(c("a","b","c"), each=5),
  key="level")

这就是魔术发生的地方：

hulls <- dt[, .SD[chull(xdata, ydata)], by = level]

绘制结果：

ggplot(dt,aes(x=xdata,y=ydata,color=level)) +
    geom_point() +
    geom_polygon(data = hulls,aes(fill=level,alpha = 0.5))

产生

它起作用，因为chull返回需要从数据中选择以形成凸包的索引向量。然后，我们使用.SD[...]对每个单独的数据框进行分组，data.table将level加在一起。