我需要裁剪Dicom系列并将结果再次保存为Dicom系列,并保留有关位置的信息。我的问题类似于DICOM File compression但不幸的是,所有答案都是关于压缩而不是裁剪。
另一个问题是原始系列很大,我无法将其全部加载到计算机的内存中(但如果需要,我可以使用Unix服务器进行计算)。
我曾尝试使用ITK:我在编写之前使用cropimageFilter复制了示例DicomSeriesReadSeriesWrite.cxx(在ITK软件指南中描述)。问题是使用说明
seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray(reader->GetMetaDataDictionaryArray() );
在结果中,图像位置的第三维(0020,0037)始终设置为0.如果我注释该指令,图像位置是正确的,但图像编号(0020,0013)和切片位置(0020,1041)是不是,结果系列不会像Osirix那样在某些软件中加载。
我也尝试过使用Dicom2(http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/)。同样,图像裁剪得很好,但元数据不一致(它们与原始图像完全相同)。
我尝试过使用Amira,但是除了内存问题之外,将裁剪数据保存为dicom的过程会忽略原始的dicom标签(例如图像位置为[-1。#ND / -1。#ND / -1 。#ND],其他标签也改为“系列日期”。
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由于您知道标签的原始值以及图像的裁剪方式,因此您可以在保存dicom文件之前将标签修改为正确的值。