Question

我在DICOM中有一些4维MR数据。第四维可以是时间，DWI中的b值或其他任何值。如何确定我在第四维中有多少个切片和几个序列？例如，我有400张图像。如何确定是否有100个序列和4个切片，反之亦然？

编辑： 我已经通过检查切片的位置弄清楚了。如果给定位置重复，则增加堆栈数。我的Python代码如下：

def getNumOfStacks(self, someImage):
    sliceDict = dict()
    for n in range(0, someImage.ImagesInAcquisition):
        location = pydicom.dcmread(self.path+self.fileList[n]).SliceLocation
        if location in sliceDict:
            sliceDict[location] = sliceDict.get(location) + 1 
        else:
            sliceDict[location] = 1
    return list(sliceDict.values())[0]

Answer 1

唯一的方法是检查每个单个实例的SeriesInstanceUID（标记号0020,000e）的值。

根据所使用的工具，解决方案可能会有所不同。例如，如果您有dcmtk或gdcm，那么在bash中将是这样的：

find /path/to/dicom/files -exec dcmdump "{}"  2>/dev/null ";" | grep SeriesInstanceUID |sort  -u

如果您使用gdcm，则将gdcmdump放在上面的dcmdump上。

Answer 2

DICOM中的MRI图像具有两种不同的风格：

“传统” MR图像存储（SOP类UID 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4）
增强的MR图像存储（SOP类UID 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4.1）

对于这两者，就像Bartlomiej所写的那样，系列实例UID可用于确定哪个切片属于同一系列，并且通常一个系列代表一堆图像。

对于增强型MR，引入了堆栈的概念。也就是说，单个DICOM对象（“文件”）包含多个帧（“图像”），这些帧可以细分为堆栈。在“每帧功能组序列”（5200,9230）中，您可以找到特定于各个帧的属性。在这种情况下，您应该阅读堆栈ID（0020,9056）和堆栈中位置编号（0020,9057），以分隔堆栈并在堆栈中对切片进行排序。

如何从DICOM文件中获取系列数？

2 个答案: