Question

希望有人可以帮助我..我正在尝试按照此处的说明安装代谢组学的mzmatch.R包：http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.php

我对R来说是全新的，所以这是我第一次做这种事情。首先，我下载了最新版本的R并将其安装在Mac OSX 10.7上。这是我运行的R版本： R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard构建64位（6148）

然后我启动了R64.app并键入以下命令（如上面链接中的说明中所指定）来安装软件包及其所有依赖项。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite(c("faahKO", "xcms", "multtest"))
> install.packages(c("rJava","XML","snow","caTools","bitops","ptw"))
> source ("http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R")

最后一步将始终失败，并显示以下消息：

trying URL 'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/mzmatch.R.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 104535 bytes (102 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 102 Kb

* installing *source* package ‘mzmatch.R’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
  call: value[[3L]](cond)
  error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error : package ‘mzR’ could not be loaded
ERROR: lazy loading failed for package ‘mzmatch.R’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mzmatch.R’
Warning message:
In install.packages(pkgs = "mzmatch.R.tar.gz", repos = NULL, type = "source") :
  installation of package ‘mzmatch.R.tar.gz’ had non-zero exit status

我认为这是因为无法加载库“mzR”，所以我尝试了：

> biocLite("mzR")
> library("mzR")

果然，出现了同样的错误：

Loading required package: Rcpp
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
  call: value[[3L]](cond)
  error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error: package/namespace load failed for ‘mzR’

我现在很迷茫，不知道该怎么做。谢谢你的阅读！

Answer 1

假设您正在运行mzR v1.2.1和Rcpp v0.9.12，您看到的问题是两者之间不幸且意外的不兼容。与此同时，降级到Rcpp_0.9.10.zip将解决问题。希望尽快妥善解决。

劳伦

UDAPE：问题是编译器/链接器错误的结果，需要一个新的mzR构建，现在可以通过biocLite获得。

R bioconductor mzR库加载错误

1 个答案: