Question

全部，

我试图加载一定数量的Affymetrix CEL文件，使用标准BioConductor命令（64位linux上的R 2.8.1，72 GB RAM）

abatch<-ReadAffy()

但我一直收到这条消息：

Error in read.affybatch(filenames = l$filenames, phenoData = l$phenoData,  : 
  allocMatrix: too many elements specified

这个allocMatrix错误的一般含义是什么？有没有办法增加它的最大尺寸？

谢谢

Answer 1

问题是所有核心函数都使用INT而不是LONG来生成R对象。例如，您的错误消息来自/ src / main

中的array.c

if ((double)nr * (double)nc > INT_MAX)
    error(_("too many elements specified"));

其中nr和nc是之前生成的整数，代表矩阵的行数和列数：

nr = asInteger(snr);
nc = asInteger(snc);

因此，为了缩短它，源代码中的所有内容都应该更改为LONG，可能不仅在array.c中，而且在大多数核心函数中，这需要一些重写。很抱歉没有更多的帮助，但我想这是唯一的解决方案。或者，您可能会在明年等待R 3.x，并希望他们能够实施这个......

Answer 2

如果你正在尝试使用庞大的affymetrix数据集，那么使用aroma.affymetrix中的包可能会更好。

此外，bioconductor是一个（特别）快速移动的项目，通常会要求您升级到最新版本的R以获得任何持续的“支持”（BioC邮件列表上的帮助）。我看到索龙也提到了与R 2.10有类似问题，但你仍然可能会考虑升级。

Answer 3

我偶然碰到了这个帖子。不，香港。*框架不受int和longs的allocMatrix（）限制的限制，因为它不仅仅使用常规地址空间来处理数据 - 而是通过文件系统进行子集化。它永远不会保留，也永远不会将完整的数据集加载到内存中。基本上，文件系统设置限制，而不是RAM或操作系统的地址空间。

/亨里克（香气的作者。*）