Question

我的mac osx版本出现了这个错误。

Primer3 / eprimer3问题：

Error: thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified

自：

http://www.mcardle.wisc.edu/mprime/help/primer3/primer3_manual.htm#globalTags

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH (string; default ./primer3_config)

此标记指定包含热力学方法使用的所有参数文件的目录的路径。在Linux中，如果未定义此标记，则会测试两个默认位置：./primer3_config/和/opt/primer3_config/。对于Windows，只有一个默认位置：.\primer3_config\。

我把primer3_config放在bin中的PATH中仍然无法解决这个问题。我甚至做过：

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src

和

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src/primer3_config

无济于事。

Answer 1

根据primer3手册：

1.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1 
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH必须指向正确的位置。此标记指定包含所有目录的目录的路径热力学方法使用的参数文件。在Linux中，那里是两个默认位置，如果此标记不是，则进行测试定义：./ prrimer3_config /和/ opt / primer3_config /。对于Windows，只有一个默认位置：。\ primer3_config。如果是的话参数文件不在这些位置，请务必设置 PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH。

因此，如果您使用Make命令下载并编译primer3表单源，要使primer3全局运行，您需要将可执行的primer3_core复制到您的路径并放置配置目录{ {1}}位于同一目录或primer3_config

/opt/primer3_config

Answer 2

我有同样的问题。我使用自制科学安装了Primer 3，这非常轻松。 https://github.com/Homebrew/homebrew-science

我尝试将 primer3_config 目录复制到homebrew primer3目录中，即：

/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config但这也不起作用。

最后，我将 PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH 配置添加到primer 3输入文件，这很有用。请注意，目录名称必须具有尾部斜杠。它是下面文件中的最后一个条目，它是从primer3来源的示例文件中复制的。

SEQUENCE_ID=example
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
SEQUENCE_TARGET=37,21
PRIMER_TASK=pick_detection_primers
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1
PRIMER_OPT_SIZE=18
PRIMER_MIN_SIZE=15
PRIMER_MAX_SIZE=21
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100
P3_FILE_FLAG=1
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config/
=

然后像这样运行：

$ primer3_core < example2

为什么我在Primer3 / eprimer3 Mac OSX版本中出现此错误？

2 个答案: